Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Le/la candidat·e sera recruté.e dans le cadre d’un projet financé par la Fondation pour la Recherche Médicale visant à caractériser l’origine évolutive des maladies génétiques complexes humaines à partir de données génomiques anciennes et modernes.
Il ou elle sera chargé·e de l’acquisition, du traitement, de l’organisation et de la préparation des données génomiques humaines anciennes et modernes. Cela inclut la mise en place et la maintenance de pipelines reproductibles pour le traitement et le contrôle qualité des données d’ADN ancien, la curation de génomes humains anciens et modernes disponibles publiquement, ainsi que la préparation de ces jeux de données pour les analyses.
Le ou la candidat.e contribuera également à la collecte et à l’harmonisation des données génétiques modernes et des statistiques issues des associations pangénomiques (GWAS). Il ou elle soutiendra le responsable de l’équipe dans les demandes d’accès aux données de biobanques, veillera au respect des procédures associées, et assurera la standardisation et la documentation des jeux de données afin qu’ils soient prêts pour les analyses.
Par ailleurs, si le ou la candidat·e le souhaite, il ou elle pourra développer un projet de recherche indépendant s’inscrivant directement dans les objectifs scientifiques et le développement à long terme de l’équipe.

Activités :
• Mise en place et maintenance de pipelines bioinformatiques pour le traitement de données de séquençage
• Sélection, traitement et compilation de génomes humains anciens et modernes
• Contrôle qualité, harmonisation et documentation des jeux de données
• Sélection, agrégation et harmonisation de résultats d’associations pangénomiques (GWAS)
• Gestion des demandes d’accès à des données issues de biobanques
• Organisation et gestion des données du laboratoire selon les bonnes pratiques (FAIR)

Contexte de travail :
Le projet se déroulera au sein de l’équipe de Stéphane Peyrégne à l’Institut Jacques Monod. Cette équipe récemment créée étudie les génomes anciens afin de mieux comprendre l’évolution humaine et ses implications pour la biologie et la santé. Le ou la candidat·e bénéficiera d’un environnement de travail favorisant les analyses génomiques à grande échelle et le développement d’outils informatiques.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Compétences techniques :
• Formation en bioinformatique, génomique, biologie ou discipline apparentée
• Maitrise des environnements Unix/Linux et du Shell (bash)
• Maîtrise d’un ou plusieurs langages de programmation (e.g. Python, R ; C/C++ apprécié)
• Expérience avec des gestionnaires de workflows (Snakemake, Nextflow)
• Une expérience avec des données issues de biobanques ou d’associations pangénomiques est un plus
Compétences transversales :
• Aisance dans l’expression orale et écrite
• Maîtrise de l’anglais technique du domaine, capacité à conduire des réunions et rédiger des documents dans cette langue
• Autonomie, sens de l’organisation et capacité d’initiative
• Aptitude au travail en équipe et bonnes qualités relationnelles

Contraintes et risques :
Aucun