Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
L'agent sera recruté comme ingénieur d'étude. Il devra réaliser les analyses bioinformatiques de 3 essais cliniques en oncologie. Dans ces 3 essais thérapeutiques, les analyses bioinformatiques auront pour objectifs d’identifier des biomarqueurs de réponses et/ou d’efficacités (accès aux échantillon avant/après traitement et statut de réponse du patient).
Activités :
• Analyse de données RNAseq issues de cohortes de patients issus d’essais cliniques, incluant des expériences de single-cell RNAseq et d’analyses transcriptomiques spatiales.
• Analyse bioinformatique avec R, Python et Bash (cluster de calcul).
• Collaboration étroite avec les biologistes et cliniciens pour interpréter les résultats et participer à la rédaction des rapports et publications.
• Participation à la communication scientifique, notamment la préparation de présentations orales en congrès et la rédaction d’articles.
• Veille technologique sur les méthodes d’analyse transcriptomique.

Contexte de travail :
Le Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon (CRCL) est un centre de renommée internationale dédié à la recherche innovante en oncologie. Composé de plus de 600 chercheurs et cliniciens, le CRCL se consacre à comprendre les mécanismes du cancer et à développer de nouvelles stratégies thérapeutiques.
Vous travaillerez dans un environnement scientifique international dédié à la recherche sur le cancer, grâce à la présence des 24 équipes de recherche et des 12 plateformes technologiques présentes sur le site.
Vous serez intégré(e) dans notre équipe de recherche, intitulée "Apoptose, Cancer et Développement" qui est constituée d'une vingtaine de membres.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
• Formation en bioinformatique, biologie computationnelle, biostatistiques ou domaine équivalent.
• Maîtrise des langages R et Python pour le traitement et l’analyse de données transcriptomiques.
• Connaissance des méthodes d’analyse RNAseq, single-cell RNAseq et analyses transcriptomiques spatiales, même à un niveau débutant ou intermédiaire.
• Bonnes capacités de communication orale et écrite, avec une aisance pour présenter des résultats en congrès et rédiger des publications scientifiques.
• Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire, rigueur et autonomie.

Contraintes et risques :
NA