Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Analyse de données de transcriptome et de traductome et mise en place d'une ressource en ligne pour la recherche en immunologie.

Activités :
- Mettre en place des pipelines Unix d'analyse de données NGS
- Comparer des données transcriptome/traductome de différents tissus
- Assurer le respect des principes FAIR des procédures informatiques
- Déployer et assurer la maintenance de services bioinformatiques en ligne sur différentes plateformes (cluster local, cloud, serveurs web)

Contexte de travail :
Dans le cadre d'un projet financé par l'Agence de Recherche sur le Cancer (ARC) avec l'institut Curie et l'INSERM, nous étudions le transcriptome et le traductome de l'épithélium thymique, un tissu essentiel qui permet la reconnaissance du soi et du non-soi par le système immunitaire. L'ingénieur.e en bioinformatique sera en charge du traitement et de l'analyse des données NGS générées. Il/elle appliquera notamment des méthodes d'analyse sans référence, pour identifier toute la diversité des antigènes produits par ce tissu, puis comparer cette diversité à celle des autres tissus normaux. Nous exploiterons ces données pour déterminer si des antigènes de tumeur sont effectivement specifiques des tumeurs. Enfin, nous mettrons ces données à disposition de la collectivité via un service web.
L'I2BC est un grand institut de biologie moléculaire et cellulaire situé dans un cadre très agréable à 25km de Paris (Gif sur Yvette). Notre équipe (Biologie computationnelle des génomes) fait partie du département de Biologie des Génomes. L'environnement bioinformatique local est très riche: forum de discussion, séminaires et formations en bioinformatique, plateforme bioinformatique et centre de calcul de haute performance.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Connaissance des outils et concepts utilisés en analyse NGS (genome/transcriptome/proteome)
- Maîtrise des langages Python et R
- Maîtrise d'au moins un gestionnaire de workflow
- Production de conteneurs Linux (Docker, Singularity)
- Bonne pratique de la maintenance de code et de la gestion de versions
- Anglais niveau B1
- Sens du relationnel et de la communication
- Curiosité, dynamisme,
- Capacité à gérer de nombreuses interactions et à travailler sur des projets variés.

Contraintes et risques :
Travail sur poste informatique