Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
Caractérisation pan-génomique des dynamiques d’élément transposables chez des populations d’Arabidopsis autogames et hétérogames
Le projet de doctorat s'inscrit dans le cadre d'une bourse CNRS 80Prime, menée conjointement par l'équipe d'accueil et l'équipe Castric à Lille. Il vise à étudier l'impact des systèmes de reproduction sur les paysages d'éléments transposables (ET) à partir de génomes à lecture longue d'Arabidopsis thaliana, d'Arabidopsis lyrata et d'Arabidopsis halleri, notamment pour des souches nord-américaines d'A. lyrata et japonaises d'A. halleri issues de populations naturelles présentant des modes de reproduction contrastés. Après la reconstruction de l'histoire des populations et de la perte d'auto-incompatibilité chez les souches nord-américaines d'A. lyrata et japonaises d'A. halleri, réalisées par des collaborateurs, le/la doctorant(e) sera responsable de l'analyse des graphes pangénomiques des ET récemment mobiles, à partir des génomes à lecture longue d'A. lyrata et d'A. halleri. Il/Elle analysera ensuite les polymorphismes d'insertion des ET au sein des populations et estimera les effets des changements vers l'autofécondation, au sein et entre individus autofécondés, sur les paysages d'ET. Le doctorant sera accueilli au sein de l'équipe de Pierre Baduel à l'IBENS, où il utilisera le cluster de calcul haute performance de l'IBENS pour toutes ses analyses génomiques. Il sera co-encadré par Vincent Castric. Le doctorant rendra compte chaque semaine à Pierre Baduel et organisera des réunions mensuelles avec ses deux directeurs de thèse, dont une en présentiel par trimestre (voir le budget pour les missions à Lille et Paris). Il sera également responsable de la diffusion des résultats lors de congrès nationaux et internationaux, ainsi que de la coordination des échanges de données avec les collaborateurs : l'équipe de Sylvain Glemin pour la reconstitution de l'histoire des populations et l'équipe de Tsuchimatsu pour le séquençage long des génomes des populations japonaises d'A. halleri.
Contexte :
Équipe PEpiTE (Polyploidy, Epigenetics, and TEs)
Implantation de l’unité : Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure (IBENS), CNRS UMR8197 – INSERM U1024, 46 rue d’Ulm, 75005 Paris

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contraintes et risques :
Présentiel 5j/5. Possibilités télétravail ponctuel. Travail sur écran.