Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Bioénergétique et Ingénierie des Protéines (UMR7281)
Equipe : « Flexibilité structurale des biomolécules en milieux complexes »
Superviseur : Alessio Bonucci

Activités :
L'objectif de ce projet de recherche est de réaliser une caractérisation structurale d'une protéine membranaire appartenant aux systèmes de sécrétion de type 2 de P. aeruginosa grâce à des expériences innovantes par résonance paramagnétique électronique (EPR). Dans un premier temps, un protocole sera mis en place concernant l'expression par des méthodes de recombinaison de l'ADN et la purification consécutive par chromatographie liquide du système étudié. Par la suite, différentes expériences EPR avec des variants marqués par spin seront menées in vitro afin de vérifier l'impact de la dynamique conformationnelle sur les fonctionnalités de la protéine. Ce type d'expériences sera finalement également réalisé dans des conditions natives au sein de cellules bactériennes (EPR in-cell) en développant un protocole innovant basé sur l'intégration de techniques de pointe d'édition génomique avec des réactions de marquage intracellulaire. Dans l'ensemble, les résultats permettront d'élucider au niveau moléculaire les changements conformationnels se produisant dans le système au cours du mécanisme de sécrétion, non seulement dans des tampons simples, mais également dans des conditions physiologiques.
Contexte de travail :
L'équipe de recherche « Flexibilité structurelle des biomolécules en milieu complexe », dirigée par le Dr Elisabetta Mileo, fait partie du laboratoire « Bioénergétique et Ingénierie des Protéines » du CNRS à Marseille. Ce groupe utilise principalement des réactions SDSL et des expériences EPR pour étudier le rôle de la flexibilité structurelle et des transitions conformationnelles sur les fonctionnalités des protéines. De plus, nous visons à développer des stratégies innovantes pour réaliser ce type d'expériences spectroscopiques non seulement in vitro, mais aussi dans des environnements cellulaires réels (EPR in-cell). Notre équipe étudie actuellement un large éventail de systèmes biologiques, allant des chaperons bactériens aux grands complexes multiprotéiques.
L'unité de recherche collabore avec différentes équipes aux niveaux national et international afin d'intégrer les résultats de l'EPR à d'autres techniques biophysiques (telles que la RMN, la cristallographie aux rayons X, la SAXS, la cryo-microscopie électronique, etc.) et/ou à des simulations computationnelles (telles que la dynamique moléculaire) afin d'élucider la relation structure-fonction de plusieurs types de protéines.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
• Expression de protéines recombinantes
• Purification de protéines par chromatographie en phase liquide
• Réactions de marquage par spin sur les protéines
• Spectroscopie RPE
• Des compétences pratiques dans d'autres techniques biophysiques (par exemple RMN, DLS, CD, etc.) constitueront un atout
• Rédaction d'articles scientifiques
• Bonne maîtrise de l'anglais
• Capacité à travailler au sein d'une équipe de recherche impliquant de multiples collaborations

Contraintes et risques :