Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
1. Examiner l’écart entre les méthodes « idéales » de calcul existantes et les données génomiques pathogènes « réalistes » disponibles, et évaluer comment cet écart limite les connaissances potentielles liées à la santé, voire conduit à des conclusions erronées.
2. Comblér cet écart du côté des méthodes en concevant des modèles et des approches phylodynamiques et phylogéographiques qui tiennent compte des particularités des données réelles (p. ex. hétérogénéité d’échantillonnage).
3. Comblér cet écart du côté des données en élaborant des lignes directrices d’échantillonnage indiquant où et quand prélever en priorité les génomes des agents pathogènes.

Activités :
• Développement de nouveaux modèles mathématiques ;
• Développement de méthodes computationnelles et leur implémentation sous forme de logiciels libres ;
• Rédaction scientifique ;
• Communication scientifique ;
• Supervision de stagiaires.

Contexte de travail :
Le(a) post doctorant(e) rejoindra l’équipe Modelling of Pathogens de l’Institut de Biologie de l’ENS (IBENS), un institut européen de premier plan en sciences de la vie, dédié à la compréhension des mécanismes et des principes fondamentaux qui régissent les systèmes vivants, tant en santé qu’en maladie. L’IBENS est implanté au cœur de Paris. Il regroupe 30 équipes de recherche et plus de 300 personnels spécialisés en génétique et génomique, biologie du développement, neurosciences et écologie & biologie évolutive. Le(a) post doctorant(e) travaillera dans un bureau partagé avec les autres membres de l’équipe et bénéficiera d’un accès complet aux plateformes centrales de l’IBENS, y compris le cluster de calcul. Puisque l’équipe Modelling of Pathogens est une équipe jointe entre l’IBENS et l’Institut Pasteur, le(a) post doctorant(e) sera également co affilié(e) à l’Institut Pasteur et pourra profiter de son environnement scientifique stimulant (par exemple, la possibilité d’assister aux séminaires).

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
• Solides compétences en programmation (Python, Java ou R)
• Maîtrise de l’anglais à l’oral et à l’écrit
• Expérience en développement de logiciels
• Expérience dans la mise en place de pipelines d’analyse de données à l’aide d’outils de gestion de workflow (p. ex. Snakemake, Nextflow)
• Engagement pour la recherche reproductible (git, conda, etc.)
• Connaissances des méthodes et modèles phylodynamiques et/ou phylogéographiques
• Expérience dans l’analyse de jeux de données génomiques de pathogènes
• Expérience en rédaction d’articles scientifiques et en présentations orales
• (Optionnel) Expérience en enseignement, tutorat ou diffusion scientifique


Contraintes et risques :
Aucun