Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Les archées présentent une diversité phylogénétique et écologique remarquable. Comprendre comment leurs génomes évolutent – par apparition de gènes de novo, recombinaisons modulaires, duplications/pertes et transferts horizontaux (HGT) – est essentiel pour relier structure génomique, fonction et écologie. Cette thèse réalisera une cartographie comparative de ces processus à l’échelle de l’ensemble des grands phylums d’archées.
Objectifs scientifiques:
- Identifier et caractériser les gènes de novo au sein des principales lignées d’archées et leurs propriété associées (taille, biais de codon, etc.)
- Tester l’« émergence par fusion/fission » : retracer l’histoire des architectures de domaines et distinguer les mosaïques issues de modules ancestraux ou introduits par HGT (bactérien, viral, inter-archées).
- Quantifier la dynamique des familles de gènes (duplication, perte, HGT) par grande lignée, et repérer les bascules évolutives associées à des transitions écologiques (thermo/halophilie, symbiose, méthanogenèse, …).
- Relier les événements à la fonction et au contexte génomique : enrichissements fonctionnels, proximité d’éléments mobiles, hotspots de recombinaison; établir des prédicteurs de l’innovation génétique.
Activités :
- Compilation d’un catalogue curé de génomes d’archées à partir de données publiques et de données nouvellement obtenues au sein de l’équipe.
- inférence d’orthogroupes, graphes de pangenome multi-clades pour détecter les gènes ayant des distributions restreintes.
- reconstruction d’architectures de domaines, détection des jonctions et de leurs directions évolutives; cartographie sur la synténie et tests d’enrichissement près d’éléments mobiles et virus.
- réconciliations gène-espèce, et détection d’HGT par incongruences phylogénétique et biais de composition.
- recherche d’enrichissements fonctionnels, identification de co-évolution, liens avec traits écologiques.
Contexte de travail :
L’étudiant intègrera l’équipe DEEM –Diversité Ecologie et Evolution Microbiennes (http://www.deemteam.fr/). Notre laboratoire est situé dans le nouveau campus de l’Université Paris-Saclay, environ 30 km au sud de Paris. Un train de
banlieue connecte avec Paris.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Un excellent niveau de connaissances en génomique comparée à grande échelle (i.e., à l'échelle des archées) et l'aise avec au moins un langage de programmation (Perl ou Python de préférence). Des compétences en phylogénie moléculaires sont un plus.
Autres compétences requises :
Langues anglais (écrit, oral).
Bonne capacités de présentation et de communication.
Autonomie, capacité d'organisation.
Capacités de synthèse et d'analyses critiques.
Contraintes et risques :
Le travail de thèse ne comporte pas de risque avéré.