Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
Offre de thèse en paléogénomique : "Paléométagénomique du changement des écosystèmes".

Les agroécosystèmes jouent un rôle économique essentiel, mais ils exercent également une forte pression sur l’environnement, en contribuant à la pollution, à la perte de biodiversité, aux émissions de gaz à effet de serre, au réchauffement climatique et aux risques pour la santé humaine.
L’un des grands défis scientifiques actuels consiste à comprendre comment la biodiversité et les fonctions des écosystèmes ont évolué au fil du temps, depuis des conditions naturelles intactes jusqu’aux paysages agricoles intensivement gérés d’aujourd’hui.
L’ADN environnemental ancien (eaDNA) offre un outil puissant pour combler cette lacune, en permettant de reconstituer les écosystèmes passés à partir de traces génétiques conservées dans les sédiments. Cette approche ouvre des perspectives inédites pour mieux comprendre comment les activités humaines — notamment le changement climatique, la modification de l’usage des terres, la pollution et l’érosion de la biodiversité — ont façonné les écosystèmes de l’Anthropocène.
Une attention particulière sera portée aux microbiomes environnementaux — assemblages de bactéries, archées, virus et champignons qui régulent les processus écologiques et assurent la santé et les services des écosystèmes. Leurs interactions avec les plantes et leur environnement, qui se sont développées sur des millénaires, sont aujourd’hui de plus en plus perturbées, mais peuvent être retracées grâce à un suivi à long terme.
Ce projet de doctorat mobilisera des approches de métagénomique et de bioinformatique appliquées à l’ADN ancien, afin d’explorer ces dynamiques et de générer des connaissances utiles à la conservation de la biodiversité, à la résilience des écosystèmes et à la gestion durable des agroécosystèmes.

Activités :
• Réaliser l’extraction d’ADN à partir de sédiments anciens et préparer les librairies de séquençage pour la métagénomique shotgun dans un laboratoire de paléogénétique.
• Participer aux procédures de séquençage et collaborer avec les plateformes pour la production des données.
• Optimiser les protocoles de récupération d’ADN ancien et de préparation des librairies.
• Traiter et analyser les données métagénomiques (contrôle qualité, assemblage, profilage taxonomique, annotation fonctionnelle).
• Développer et adapter des pipelines bioinformatiques pour l’analyse paléogénomique.
• Appliquer des approches statistiques et computationnelles avancées pour interpréter les données dans le cadre de l’écologie microbienne et des écosystèmes passés.
• Présenter les résultats lors de conférences, ateliers ou séminaires, et contribuer aux publications scientifiques.
• Assurer la traçabilité des données et, selon les besoins, participer à la formation ou à l’encadrement d’étudiant·e·s.

Compétences attendues :
• Compétences en biologie moléculaire : expérience pratique en extra
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contraintes et risques :