Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
L’optimisation de la production d’antibiotiques repose encore largement sur des approches empiriques, fondées sur des cycles d’essais et erreurs. Pour dépasser ces limites, il est essentiel de développer des outils standardisés et des méthodologies systématiques dédiées à l’ingénierie des Streptomyces. La biologie synthétique permet, par exemple, le clonage et la réorganisation de clusters de gènes de biosynthèse silencieux (cryptiques), afin d’activer leur expression et permettre ainsi la découverte de nouveaux métabolites. Elle offre également la possibilité de générer des « produits naturels non naturels » par biosynthèse combinatoire.
L’objectif du projet ANR ArchiStrept, dans le cadre duquel ce doctorat s’effectuera, est de mettre en place un cadre méthodologique pour l’intégration et l’ingénierie optimisée des clusters de gènes de biosynthèse de métabolites spécialisés (SMBGCs) dans un panel de Streptomyces super-hôtes. Notre hypothèse est que l’organisation et la localisation chromosomique des SMBGCs influencent directement leur niveau d’expression. Le projet de thèse consistera à intégrer à divers endroits des chromosomes de quatre super-hôtes Streptomyces, des groupes de gènes de biosynthèse choisis pour leur diversité. Les niveaux d’expression des gènes et la quantification des métabolites produits seront déterminés et comparés. Ce travail devrait contribuer à la construction d’un chassis Streptomyces optimisé pour la production de métabolites d’intérêt.

Contexte :
L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay créée depuis le 1er janvier 2015. Localisée sur les sites de Gif, d'Orsay et de Saclay, l'unité a un effectif moyen d’environ 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, 43 équipes de recherches, 17 plateformes technologiques de haut niveau.
L'équipe « Microbiologie Moléculaire des Actinomycetes » s'intéresse à la biologie des actinomycetes. Le suivi du travail du doctorant sera effectué conjointement par la Directrice de thèse et responsable scientifique dans l'équipe du projet ArchiStrept et par un ingénieur de recherche de l’équipe (co-encadrant). La formation à la manipulation des Streptomyces et aux techniques spécifiques non maîtrisées par la personne recrutée seront assurées par un ou plusieurs membres de l'équipe. Le doctorant sera inscrit à l’Université Paris-Saclay, dans l’école doctorale SDSV (Structure et Dynamique des Systèmes vivants).

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contraintes et risques :
Les souches bactériennes qui seront manipulées sont des souches non pathogènes manipulables en laboratoire L1. Les équipements de protection personnelle seront fournis par l’équipe et le/la doctorant(e) sera formé(e) aux règles d’hygiène et de sécurité. Des déplacements en France ou à l’étranger sont à prévoir dans le cadre de participation à des conférences et congrès.