Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
Développement d’approches de spectrométrie de masse structurale pour la caractérisation des interactions protéine.
La thèse sera rattachée à l'Ecole Doctorale des Sciences Chimiques de l'Université de Strasbourg (ED222).
Objectifs de la thèse : L’objectif de cette thèse sera de développer des méthodes de spectrométrie de masse structurale, principalement basées sur la spectrométrie de masse native (nMS) et le cross-linking (XL-MS), pour la caractérisation des complexes protéine/ARN et protéine/ADN.

Les approches de spectrométrie de masse structurale (MS) se sont imposées comme des techniques clés pour la caractérisation in vitro des complexes protéine/ADN ou protéine/ARN. La spectrométrie de masse native permet la mesure de la masse d’assemblages non covalents intacts, offrant une détermination rapide et précise des stœchiométries. L’échange hydrogène/deutérium couplé à la MS (HDX-MS) révèle les régions protéiques affectées par la liaison aux acides nucléiques, mais ne fournit pas d’informations sur l’ADN ou l’ARN. Enfin, les approches de spectrométrie de masse couplées au cross-linking (XL-MS) apparaissent comme les méthodes les plus puissantes pour obtenir des informations à la fois sur la protéine et l’acide nucléique. Cependant, bien que le XL-MS ait gagné en maturité et popularité dans l’étude des interactions protéine/protéine, il reste encore peu utilisé pour caractériser les complexes protéine/ADN ou protéine/ARN, principalement en raison de la complexité des workflows analytiques et bioinformatiques.
Le projet NAProtXLMS vise à :
1) Synthétiser de nouveaux réactifs de cross-linking chimiques, basés sur le repositionnement de médicaments utilisés en thérapie, en sondes multifonctionnelles de cross-linking, et les comparer à la méthode de référence UV-XL.
2) Développer des workflows analytiques protéomiques sensibles et robustes basés sur la MS, pour le cross-linking chimique protéine/ADN et protéine/ARN, en mettant au point de nouvelles méthodes LC-MS/MS pour améliorer l’enrichissement, la séparation et l’identification des conjugués Peptide-Oligo in vitro et in vivo.
3) Évaluer les nouveaux workflows XL-MS non seulement sur des échantillons commerciaux de référence, mais aussi sur deux systèmes modèles bien caractérisés (récepteurs nucléaires/ADN et ribonucléoprotéines/ARN), afin d’obtenir une caractérisation plus exhaustive et complète de leur rôle dans les processus biologiques.
L’objectif de cette thèse sera donc de développer de nouvelles approches XL-MS pour la caractérisation des complexes protéine/acides nucléiques. En collaboration avec des chimistes, de nouveaux réactifs chimiques de cross-linking pour les complexes protéine/acide nucléique seront développés et évalués. Toutes les étapes du workflow XL-MS — incluant la réaction de pontage chimique, les digestions enzymatiques, les méthodes MS et le traitement des données pour l’identification des cross-links pe
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-Travail occasionnel en horaire décalé.
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