Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
Utilisation de méthodes et d’outils d’intelligence artificielle (IA) qui a eu un impact considérable sur le domaine de la protéomique (Neely et al., 2023 - https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.2c00711).
Le doctorant (H/F) sera rattaché à l’École Doctorale des Sciences Chimiques de l’Université de Strasbourg (ED222).

L’objectif de ce projet de thèse est de développer de nouvelles approches pour interpréter des données de protéomique à grande échelle en utilisant des modèles basés sur l’IA, afin d’en extraire des informations biologiques nouvelles et pertinentes. Une attention particulière sera portée à l’intégration des modifications post-traductionnelles des protéines dans ces modèles basés sur l’IA, dans le but d’élucider leurs rôles spécifiques et leurs contributions à la (dys)fonction des cellules et des tissus au niveau moléculaire.

Contexte :
L’Institut Pluridisciplinaire Hubert CURIEN (IPHC), unité mixte de recherche sous cotutelle du CNRS et de l’Université de Strasbourg (UMR7178), est un laboratoire pluridisciplinaire où des équipes de recherche de cultures scientifiques différentes (écologie, physiologie et éthologie, chimie et physique subatomique) développent des programmes de très haut niveau avec pour socle l’instrumentation scientifique. L'IPHC est structuré en 3 départements et comptabilise un effectif total de 393 agents (H/F) dont 257 agents permanents (soit 119 chercheurs et enseignants-chercheurs et 138 ingénieurs et techniciens H/F), 46 agents en CDD et 102 doctorants H/F.
Le candidat (H/F) intègrera l'équipe "Laboratoire de Spectrométrie de Masse Bio-Organique" (LSMBO) de l’IPHC composée de 9 chercheurs et enseignants-chercheurs (H/F), de 11 ingénieurs (H/F), de post-doctorants et de doctorants et
bénéficiera de toutes les conditions matérielles (instruments de LC-MS/MS), du soutien humain (partage d’expertise), ainsi que des ressources (bio-)informatiques (accès à des équipements de calcul puissants et à des logiciels pour le traitement et le retraitement des données LC-MS/MS) nécessaires à la réussite de ce projet de thèse.
Le candidat (H/F) doit être titulaire d’un diplôme de master et/ou d’ingénieur.
Il ou elle devra démontrer une solide connaissance de l’analyse de données (bio-)informatiques ainsi que des langages de programmation (notamment Python), et devra avoir une expérience préalable de l’application de méthodes d’apprentissage automatique ou d’intelligence artificielle. Un fort intérêt pour la biologie et/ou la biochimie constituera un atout.
Le doctorant (H/F) doit avoir une bonne maîtrise de l’anglais, à l’écrit comme à l’oral (de niveau B2 selon le cadre européen commun de référence pour les langues) afin de pouvoir rendre compte régulièrement de ses travaux et présenter ses résultats aux collaborateurs ainsi qu’au cours de conférences
Les candidatures devront inclure un CV détaillé, une lettre de motivation, un résumé du mémoire de mas
Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr...

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contraintes et risques :
-Travail occasionnel en horaire décalé.
-Travail dans un environnement certifié ISO 9001