L'Ecole Normale Supérieure de Lyon (ENS Lyon), implantée à Lyon Gerland, forme ses étudiants par et pour la recherche. Elle regroupe toutes les disciplines, en dehors du droit et de la médecine.

L'École Normale Supérieure de Lyon dispense une formation d'excellence à des élèves et à des étudiants se destinant aux métiers de l'enseignement et de la recherche et concourt à la formation des cadres supérieurs de la haute administration et des entreprises.

Contexte :

Centre de recherche et d’enseignement au rayonnement international, l’École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon) remplit ses missions selon un axe stratégique : interdisciplinarité, innovation numérique et ouverture à la société. Ses différents laboratoires de biologie travaillent de longue date en collaboration avec la plate-forme d’imagerie et microscopie locale (PLATIM) et le mésocentre de calcul interne (Centre Blaise Pascal-Pôle scientifique de modélisation numérique, CBPsmn). Pour assurer le traitement et le stockage des données d’imagerie de ces laboratoires selon les meilleures pratiques actuelles, l’ENS de Lyon souhaite mettre en place un dépôt de données institutionnel, sous forme d’une instance OMERO ou équivalent.

Dans le cadre d’une collaboration entre son centre de calcul et ses laboratoires de biologie, l’École normale supérieure de Lyon recrute un data manager pour la mise en place d’un dépôt institutionnel de données d’imagerie scientifique.

Mission :

Installer, gérer et administrer au CBPsmn un dépôt institutionnel de données de type image OMERO[1] au service principal des laboratoires de biologie dont l’une des tutelles est l’ENS de Lyon.

• Interfacer ce système avec :
  • Les plateformes expérimentales génératrices des données des laboratoires de Biologie de l’ENS de Lyon.
  • les plateformes mutualisées de calcul du CBPsmn pour l’analyse de données,
  • des clients OMERO installés sous Debian dans le système de démarrage en réseau SIDUS[2] du CBPsmn pour des stations de travail et l’accès cloud@CBP à distance,
  • des clients OMERO installés sur les postes individuels de travail des chercheurs.
• Assurer la cohérence, la qualité et la sécurité de la chaîne de traitement de données dans le but d’assurer la qualité, la disponibilité et la valorisation des données scientifiques

En lien avec les informaticiens et bioinformaticiens des unités, développer et mettre en œuvre une culture commune des bonnes pratiques en matière de gestion des données produites au sein des unités, et produites par des tiers.

Activités principales :

• Intégrer dans les environnements de tests et de production les solutions logicielles choisies et en assurer le déploiement
• Mettre en œuvre les logiciels de gestion de bases de données (back-end), en assurer l'adaptation, l'administration et la maintenance
• Prendre en compte les problématiques de sécurité des données (autorisations d’accès, mise en place de sauvegardes)
• Référencer et documenter les composants liés à l'infrastructure, aux logiciels et leurs liens avec la couche applicative
• Opérer le diagnostic des incidents signalés
• Garantir la livraison des services
• Contribuer à implémenter les processus d’analyse et de publication des données
• Conseiller et former aux techniques et outils développés :
  • Bonnes pratiques de gestion des données,
  • Aide à la rédaction (création de template et formation) d’un Plan de Gestion des Données pour chaque projet de recherche et dans la mise en place des actions pour aboutir à une gestion « FAIR » des données (recommandations en termes de standardisation du format des données, documentation des données etc.)
  • Conseil pour l’utilisation des infrastructures adéquates pour le stockage et le partage des données parmi les services disponibles

[1] https://www.openmicroscopy.org/omero/institution

[2] http://www.cbp.ens-lyon.fr/doku.php?id=developpement:productions:sidus

Compétences principales

Connaissances :

• Applications métiers
• Architecture et l'environnement technique du système d'information (connaissance approfondie)
• Service oriented application (SOA) (connaissance approfondie)
• Systèmes de gestion de base de données (connaissance approfondie)
• Diagnostic et résolution de problèmes
• Langage de programmation d'administration système
• Méthodes de mise en production
• Processus métiers
• Systèmes de gestion de base de données
• Méthodes, outils, normes et procédures de la qualité (connaissance générale)
• Méthodologie de conduite de projet (notion de base)
• Anglais technique (connaissance générale)
• Des connaissances en biologie ne sont pas demandées, mais des notions générales sur les données d’imagerie seraient un avantage

Compétences opérationnelles :

• Administrer un système de base de données (expertise)
• Construire et gérer une base de données (maîtrise)
• Élaborer et mettre en œuvre un plan de tests
• Rédiger et mettre à jour la documentation fonctionnelle et technique
• Garantir la livraison des services
• Travailler en équipe
• Assurer la formation des utilisateurs non-informaticiens

Compétences comportementales :

• Capacité de raisonnement analytique
• Sens de l'initiative
• Sens de l'organisation
• Sens de la communication

Diplôme réglementaire exigé - Formation professionnelle si souhaitable :

Licence
Domaine de formation souhaité : filière informatique