Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
L’imagerie par Résonance Magnétique (IRM) est une technique d’imagerie non invasive et non irradiante qui permet d’acquérir une grande variété de contrastes (informations physiologiques, anatomiques, métaboliques) en fonction de la « structure/organe » cible. Ces contrastes sont extrêmement utiles aux chercheurs et praticiens hospitaliers, biologiste ou médecin pour comprendre les mécanismes des pathologies. Un pan très important et extrêmement dynamique de la recherche en IRM consiste à identifier de nouveaux contrastes ainsi qu’à optimiser la quantité et la qualité de l’information présente dans les contrastes déjà existants. Par contre, pour des raisons de maintenance et de protection de ces équipements, le fabricant ne déploie de nouveaux contrastes sur ses systèmes que tardivement et l’utilisateur n’a accès qu’à un ensemble extrêmement restrictif de mécanismes de réglages, acquisition et de pré-traitement. Cette dichotomie illustre la divergence entre les outils que veut fournir le constructeur et le besoin des chercheurs de développer ou d’avoir à leur disposition des contrastes ‘state of the art’.
Le contexte de ce travail est de contourner cette limitation en mettant en place une librairie (via une API) de pilotage et d’échange de données suffisamment générique et robuste pour que les mécanismes de réglages, acquisition et prétraitement trop complexes pour être réalisés sur les IRM soient pilotés et exécutés en « temps réel » sur des ordinateurs déportés. L’utilisateur pourra ainsi tester son travail développé avec ses outils et langages de prédilection sans possibilité de « perturber/endommager » l’environnement certifié de la machine d’acquisition.

Activités :
La librairie que nous voulons développer vise (tout en respectant la protection des sujets et de la machine) au transfert du contrôle des IRM vers des ordinateurs déportés pour faciliter l’implémentation et le test des toutes dernières fonctionnalités développées par les chercheurs. La mission de la personne recrutée sera de :
• Modéliser, concevoir et/ou paramétrer tout ou partie de la solution logicielle.
• Développer et tester les objets et composants de cette interface client/serveur permettant de faire transiter bilatéralement en temps réel des informations entre une IRM préclinique sous GCC 4.8.5 et un ordinateur déporté disposant des versions courantes de Python,C/C++, Matlab, Julia, …
• Rédiger les documentations techniques et fonctionnelles.
• Élaborer la stratégie de test, concevoir, spécifier et exécuter des tests fonctionnels et/ou techniques.
• Créer et tester les packages applicatifs et les scripts de déploiement en production.

Contexte de travail :
Le laboratoire CREATIS est un centre de recherche spécialisé dans l'imagerie médicale et la modélisation. Situé à Lyon, en France, il est reconnu pour son expertise dans le développement de technologies innovantes pour la santé. CREATIS se distingue par s
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Le candidat devra posséder des bases extrêmement solides de développement en C/C++ et Python, de bonnes connaissances en communication inter-processus (IPC) et aussi des bases en Matlab et éventuellement Julia.
La formation plus spécifique liée à l’acquisition de données IRM sur un environnement propriétaire sera assurée sur place par des spécialistes du domaine.

Contraintes et risques :
Aucun

Encadrement:
Denis Grenier, responsable opérationnel des IRM précliniques

Frédéric Cervenansky, responsable du service informatique et développement