Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Nous nous intéressons à la manière dont les bactéries coévoluent avec leurs virus bactériophages. Des études récentes ont mis en évidence un nombre impressionnant de nouveaux systèmes de défense « anti-phages » dans les génomes bactériens. Ces gènes de défense sont vraisemblablement très mobiles car ils sont souvent portés par des éléments génétiques mobiles (EGM), tels que les prophages et les plasmides. Ce projet vise à explorer le rôle des EGM dans le transfert horizontal de gènes de résistance anti-phage dans les communautés bactériennes.
Le ou la candidat·e retenu·e développera des approches moléculaires, génomiques et évolutives afin de mieux comprendre comment les EGM confèrent une résistance aux phages virulents et coévoluent avec eux chez Escherichia coli et Pseudomonas aeruginosa
Activités :
• identifier les gènes de défense codés par les EGM (criblage fonctionnel, approches informatiques, génétique) ;
• mesurer la sélection et la transmission horizontale des gènes de défense au sein de communautés bactériennes (tests d’infection, ingénierie génétique) ;
• caractériser la coévolution à long terme entre EGM et phages virulents ainsi que leurs bases génétiques sous-jacentes (évolution expérimentale, séquençage, génomique des populations) ;
• jouer un rôle central dans la gestion des collaborations ;
• présenter les résultats lors de conférences internationales et nationales ;
• assurer une veille et une analyse bibliographique ;
• participer aux activités de l’équipe (réunions de laboratoire, séminaires, tâches communes).

Contexte de travail :
Le poste permettra de rejoindre l’unité de Microbiologie Moléculaire et Biologie Structurale (MMSB, UMR 5086 CNRS – Université de Lyon), qui regroupe 11 équipes de recherche.
Ce poste est financé dans le cadre du programme ATIP-Avenir et permettra d’intégrer une équipe de recherche récemment créée, dirigée par Anne Chevallereau.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Le candidat devra être titulaire d’un doctorat en microbiologie ou en biologie moléculaire, avec une solide expérience en microbiologie expérimentale.
Une expertise en biologie computationnelle (par exemple en génomique comparative) sera fortement appréciée.
Des connaissances sur les phages et en biologie évolutive constitueront un atout.

Travailler de manière autonome et apprécier le travail dans le cadre d’un projet interdisciplinaire.
Rigueur, créativité et motivation sont des qualités essentielles pour ce projet.

Des compétences en rédaction scientifique et en communication orale sont requises.
La maîtrise de l’anglais est indispensable pour ce poste.
Contraintes et risques :
Travail en laboratoire NSB2