Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
La personne recrutée aura pour mission d’étudier l’impact des modifications post-transcriptionnelles des ARN de transfert (ARNt) sur la tolérance et l’adaptation au stress de souches cliniques d’Escherichia coli.
Le projet combinera microbiologie expérimentale, génétique bactérienne, approches CRISPRi et analyses bioinformatiques afin d’identifier les déterminants moléculaires et génétiques impliqués dans les variations de réponse au stress entre souches. La personne recrutée assurera notamment le lien entre caractérisation phénotypique, perturbation génétique et analyse comparative des génomes.

Activités :
• Culture et manipulation de souches cliniques d’Escherichia coli.
• Construction de souches bactériennes mutantes et de plasmides.
• Construction, manipulation et/ou exploitation de banques de souches, notamment par approches CRISPRi.
• Mise en place de tests phénotypiques permettant d’évaluer la croissance, la survie et la tolérance des souches à différents stress, en particulier aux stress antimicrobiens.
• Réalisation de techniques de microbiologie, génétique bactérienne et biologie moléculaire.
• Analyse de génomes bactériens et comparaison de génomes issus de différentes souches.
• Analyse bioinformatique de données génomiques et identification de variations génétiques associées aux phénotypes observés.
• Intégration, analyse statistique et visualisation de données génomiques et phénotypiques.
• Interprétation des résultats expérimentaux et bioinformatiques dans le contexte de l’adaptation bactérienne au stress.
• Participation à la rédaction de publications scientifiques et à la présentation des résultats.

Contexte de travail :
La personne recrutée rejoindra l’équipe « Réponses épitranscriptionnelles au stress antimicrobien », dirigée par Zeynep Baharoglu, au sein du Laboratoire d’Expression Génétique Microbienne de l’Institut de Biologie Physico-Chimique (IBPC), à Paris.
Les recherches de l’équipe portent sur les mécanismes moléculaires permettant aux bactéries de s’adapter aux stress environnementaux et antimicrobiens, avec un intérêt particulier pour les modifications post-transcriptionnelles des ARN et leur rôle dans la régulation de la traduction.
Le projet portera plus spécifiquement sur l’étude de souches cliniques d’Escherichia coli et combinera approches de microbiologie, génétique bactérienne, CRISPRi, génomique comparative et bioinformatique.
La personne recrutée travaillera en interaction étroite avec les membres de l’équipe et les collaborateurs impliqués dans les analyses génomiques et bioinformatiques.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
• Doctorat en microbiologie, génétique bactérienne, biologie moléculaire, génomique ou domaine apparenté.
• Solide expérience expérimentale en microbiologie bactérienne.
• Expérience confirmée en génétique bactérienne et en construction de souches.
• Expérience dans la construction et/ou l’utilisation de banques de souches par approches CRISPRi.
• Maîtrise des techniques courantes de biologie moléculaire.
• Expérience en analyse de génomes bactériens et en génomique comparative.
• Compétences en bioinformatique appliquée à l’analyse de données génomiques.
• Expérience en analyse et visualisation de données, notamment sous R et/ou Python.
• Capacité à intégrer des données expérimentales, génomiques et phénotypiques.
• Intérêt marqué pour les mécanismes d’adaptation bactérienne au stress, la tolérance aux antimicrobiens et la régulation de la traduction.
• Une expérience sur des souches cliniques d’Escherichia coli constitue un atout important.
• Autonomie expérimentale, rigueur, esprit critique et capacité à contribuer à l’orientation scientifique du projet.
• Bonne maîtrise de l’anglais scientifique écrit et oral.

Contraintes et risques :
• Travail expérimental en laboratoire de microbiologie BSL2.
• Manipulation de souches cliniques d’Escherichia coli dans les conditions de confinement et de sécurité réglementaires adaptées.
• Manipulation de microorganismes génétiquement modifiés.
• Respect strict des règles d’hygiène, de sécurité et des procédures applicables à la manipulation de microorganismes.
• Utilisation courante d’équipements et de réactifs de biologie moléculaire et de microbiologie.