Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Sous la responsabilité de l’équipe de recherche et développement de la plateforme d’imagerie photonique UTechS Photonic Bio Imaging (PBI) de l’Institut Pasteur, l’ingénieur/e participera au transfert vers le service de la plateforme du workflow SCALE (Spatial Cleared-tissue Affordable Multiplexed Expression mapping), financé par France-BioImaging dans le cadre de l’appel à projets Tech Transfer to Core Facilities 2026.

L’objectif principal est de transformer les développements méthodologiques actuels en un service ouvert et standardisé de transcriptomique spatiale pour tissus 3D épais. Le/La candidat/e sera chargé/e de consolider les protocoles de clearing, d’hybridation in situ (smFISH, HCR multispectral, AutoFISH séquentiel), d’acquisition sur microscopes confocaux/spinning disk existants, et d’analyse des données. Un volet important consistera à établir les procédures opératoires standard (SOP), les critères de contrôle qualité et la documentation utilisateur, ainsi qu’à initier l’ouverture du service à une cohorte d’utilisateurs pilotes.

Activités :
• Standardisation du workflow SCALE : optimisation et documentation des protocoles de fixation, d’inclusion dans un hydrogel, de clearing et d’hybridation in situ pour des échantillons épais (organes sur puce, cerveaux de zebrafish en whole-mount, coupes de tissus).
• Contrôle qualité et benchmark : définition de critères d’acceptation des échantillons, de seuils de signal/bruit et de protocoles de validation des rounds d’hybridation.
• Documentation et transfert : rédaction des SOP, des protocoles utilisateurs et des supports de formation ; participation à la montée en compétences des agents permanents de la plateforme PBI (train-the-trainer).
• Relation avec les utilisateurs : collecte des retours d’expérience, ajustement des délais et des procédures de prestation.
• Veille et diffusion : participation au groupe de travail FBI Multiplexed Imaging et préparation d’un atelier de présentation du service (ex. MIFOBIO 2027).

Contexte de travail :
Le poste est localisé au sein de la plateforme Photonic Bio Imaging (PBI) de l'Institut Pasteur, dirigée par Florian Muller (https://research.pasteur.fr/en/team/photonic-bio-imaging-utechs-pbi/).
Le/La candidat/e travaillera en étroite collaboration avec l'équipe R&D du PBI, les partenaires biologistes de l'Institut Pasteur et le réseau FBI.
La personne recrutée sera sous la responsabilité de Monsieur Florian Muller

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
• Bonne connaissance de la microscopie optique (confocale, spinning disk, imagerie de fluorescence).
• Expérience en biologie moléculaire et/ou en hybridation in situ (FISH, smFISH, HCR, FISH séquentiel) appréciée.
• Connaissances en analyse d’images et/ou en utilisation de logiciels de bio-imagerie (ImageJ/Fiji, napari, etc.) (un plus)
• Notions en microfluidique, en automatisation d’acquisition ou en programmation de microscopes (un plus).
• Curiosité scientifique et intérêt pour la biologie des tissus et l’imagerie quantitative.
• Capacité à travailler en équipe dans un environnement multiculturel et multidisciplinaire.
• Autonomie, rigueur, sens de l’organisation et aptitude à documenter les procédures.
• Bonne communication en anglais scientifique (oral et écrit).

Contraintes et risques :