Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Sujet de thèse :
Ce projet utilise Agrobacterium tumefaciens C58 comme modèle bactérien, et Arabidopsis thaliana Col. et Solanum lycopersicum var. Dona comme ressources végétales.

Ce projet combine deux approches complémentaires et pour identifier des gènes et fonctions d’A. tumefaciens C58 associées à la colonisation des racines et des galles :
1/ axe1 : une première approche exploitera des données déjà acquises de Tn-Seq chez A. tumefaciens C58 colonisant des racines et galles de S. lycopersicum (Torres et al. 2022) : il s’agira de choisir quelques 6 à 10 gènes dont l’analyse Tn-Seq montre une baisse de fitness de leurs mutants, de reconstruire des mutants de délétion de ces gènes, de vérifier leur perte de compétitivité par des expérimentations in planta. Des expérimentations ex planta dans différentes conditions de culture permettront de comprendre leur fonction physiologique chez A. tumefaciens. Des constructions de fusions transcriptionnelles avec une GFP permettront de suivre leur expression in ex planta et in planta.
2/ axe2 : dans une démarche complémentaire au Tn-Seq, il s’agira de réaliser une approche protéomique en partenariat avec la plateforme de protéomique de l’I2BC. Seront comparés les protéomes des galles et des racines infectées ou non par A. tumefaciens chez A. thaliana et S. lycopersicum. L’objectif est d’identifier des protéines signatures de l’interaction chez l’hôte et le pathogène. Cette analyse permettra d’identifier de nouveaux gènes associés à la mise en place de l’interaction plante-pathogène.
Contexte :
Ce projet s’inscrit dans le cadre du projet ANR MOBIL_DNA qui vise à comprendre les changements induits chez la plante hôte après intégration du T-DNA et comment le pathogène change de mode de vie entre sa vie sur les racines et sa vie dans les galles. Dans la cadre de ce projet, certains mutants construits seront utilisés par d’autres partenaires du projet MOBIL_DNA pour des analyses complémentaires (microscopie notamment).

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contraintes et risques :
Prises de risques :
- axe 1 : la partie la plus risquée est déjà réalisée : le Tn-Seq in planta (Torres et al. 2022). La construction de mutants de délétion chez A. tumefaciens est maîtrisée au laboratoire.
- axe 2 : l’analyse protéomique est réalisée avec l’appui technique de la plateforme.

• Matériels scientifiques disponible et financements associés au fonctionnement de la thèse : l'I2BC dispose des équipements nécessaires à la réalisation du doctorat : moyens de culture des bactéries et plantes (serres S2).