Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Un poste de chercheur sur un contrat de 5 mois est disponible dans l'équipe SPARKS du laboratoire I3S, Université Côte d'Azur, France.

Les recherches en bioinformatique menées dans l'équipe portent sur l'utilisation d'approches réseau pour analyser et intégrer des données 'omiques à grande échelle, et sur le développement d'outils informatiques permettant de modéliser la manière dont les perturbations de la régulation des gènes peuvent affecter les processus biologiques.

Dans le cadre d'un projet visant à développer un nouveau test pour détecter et quantifier le risque de carcinogènes non génotoxiques (NGTxC), nous prévoyons d'adopter une approche holistique pour mieux comprendre les processus à l'œuvre à l'échelle du système biologique. En intégrant des données publiques et les données de génomique générées par le laboratoire de biologie avec lequel nous collaborons, nous modéliserons les données sous la forme de réseaux. En biologie des systèmes, un réseau met en correspondance des entités moléculaires (par exemple, des gènes, des transcrits, des protéines) via leurs interconnexions fonctionnelles (qui peuvent être des interactions physiques, des inductions transcriptionnelles, des activations enzymatiques, etc). Cette modélisation, prenant en compte les composants individuels et leurs interactions, nous permettra d’identifier des sous-parties des réseaux particulièrement actives dans les dérégulations provoquées par les NGTxC. Des algorithmes efficaces pour découvrir ces modules actifs dans des réseaux complexes ont été proposés [1] et sont étudiés par l’équipe SPARKS à l’I3S [2-3].

La mission du chercheur recruté sera de développer une méthode d’identification des modules de gènes actifs à partir de résultats d’analyse single Cell.

Références :
1. Nguyen, H., Shrestha, S., Tran, D., Shafi, A., Draghici, S., & Nguyen, T. (2019). A comprehensive survey of tools and software for active subnetwork identification. Frontiers in genetics, 10, 155.
2. Corrêa, L., Pallez, D., Tichit, L., Soriani, O., & Pasquier, C. (2019, December). Population-based meta-heuristic for active modules identification. In Proceedings of the Tenth International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics (pp. 1-8).
3. Pasquier, C., Guerlais, V., Pallez, D., Rapetti-Mauss, R., & Soriani, O. (2021). Identification of active modules in interaction networks using node2vec network embedding. BioRxiv.
4. Rossetti, G., & Cazabet, R. (2018). Community discovery in dynamic networks: a survey. ACM computing surveys (CSUR), 51(2), 1-37.
5. Chunaev, P. (2020). Community detection in node-attributed social networks: a survey. Computer Science Review, 37, 100286.
6. Fu, L., Lin, P., Vasilakos, A. V., & Wang, S. (2020). An overview of recent multi-view clustering. Neurocomputing, 402, 148-161.
7. Ji, Y., Lotfollahi, M., Wolf, F. A., & Theis, F. J. (2021). Machine learning for perturbational single-cell o
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Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
- Doctorat en bioinformatique ou informatique.
- Expérience dans l'analyse de données omiques à haut débit.
- Maîtrise de la programmation (une expérience de Python et de son écosystème est préférée).
- Des connaissances en transcriptomique « single cell », en régulation génique et en biologie des réseaux sont souhaitables.
- Une expérience du calcul à haute performance est un atout
- Capacité à penser et à travailler de manière indépendante, à fixer des objectifs et à respecter les délais.
- Maîtrise professionnelle de l'anglais.
- Bonnes capacités de communication et de rédaction.
- Volonté de travailler dans un environnement multidisciplinaire, de partager ses compétences et ses idées.

Contraintes et risques :
Le règlement intérieur du laboratoire I3S s’applique.