La DGPE pilote pour les secteurs agricole, agroalimentaire, du cheval, et de la bio économie, l'action du ministère de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire relative à l'orientation et au développement des productions et des filières, à la gestion des marchés, aux relations commerciales, à l'aménagement et au développement des territoires ruraux et, sous réserve des compétences de la direction générale de l'alimentation, à l'environnement. Elle conduit la négociation européenne sur la politique agricole commune (PAC), dont elle pilote la mise en œuvre nationale. Elle coordonne l'action des directions du ministère en matière de relations européennes et internationales. Elle pilote pour les secteurs de la forêt et du bois l'action du ministère de la transition écologique, de la biodiversité, de la forêt, de la mer et de la pêche.

La sous-direction « gouvernance et pilotage », composée du bureau budget et établissements publics, du bureau performance, méthode et réseaux, du bureau audits et contrôles et de la mission affaires générales et ressources humaines, est chargée de la gouvernance et de l'appui au pilotage des politiques publiques dans le champ de compétences de la DGPE. Elle est composée d'environ 40 agents.
Elle est chargée de la programmation et de l'exécution des programmes budgétaires de la direction générale. Elle coordonne la tutelle des établissements publics qui relèvent de la direction générale. Elle coordonne les activités relatives au contrôle des aides européennes et nationales, le suivi des audits communautaires et nationaux et de leurs recommandations, ainsi que le suivi de l'instrumentation des aides de la politique agricole commune (1er et 2e pilier).
Elle pilote et anime le réseau des services déconcentrés dans la mise en œuvre des politiques publiques portées par la direction générale.
Elle assure le secrétariat du Conseil supérieur d'orientation et de coordination de l'économie agricole et alimentaire.
Elle veille à la simplification, à l'harmonisation et à la sécurisation des procédures conçues par la direction générale, assure un rôle d'appui auprès des bureaux, notamment en ce qui concerne le développement des systèmes d'information et la protection des données.
Elle est également chargée de la gestion des ressources humaines, de la formation, des moyens de fonctionnement, de la communication et du pilotage de la performance de la direction générale.
Sous l'autorité du directeur général de la performance économique et environnementale des entreprises, le sous-directeur « gouvernance et pilotage » est chargé de l'animation de la mission et des bureaux de la sous-direction.
Le sous-directeur est assisté d'un adjoint.

Les conditions d'emploi sont fixées par les articles 11 à 16 du décret n° 2019-1594 du 31 décembre 2019 relatif aux emplois de direction de l'Etat.
La durée d'occupation de l'emploi est de 3 ans, renouvelable une fois. En application de l'article 13 du décret précité, la période probatoire est fixée à 6 mois.
La rémunération brute annuelle dépend de l'expérience du titulaire de l'emploi. Elle comprend une part indiciaire ainsi qu'une part indemnitaire, dépendante des fonctions, des sujétions et de l'expertise de l'emploi. Elle est complétée par un complément indemnitaire annuel, dont le montant dépend de la manière de servir. Si le ou la titulaire de l'emploi est un fonctionnaire, la part indiciaire brute est établie au regard de son classement dans la grille indiciaire applicable à l'encadrement supérieur de l'Etat (décret n° 2022-1453 du 23 novembre 2022 relatif aux conditions de classement, d'avancement et de rémunération applicables à certains emplois supérieurs de la fonction publique de l'Etat). Pour les personnes n'ayant pas la qualité de fonctionnaire, le classement est effectué au regard de la durée et du niveau de leurs expériences professionnelles antérieures en rapport avec l'emploi à pourvoir.
Une habilitation au secret de la défense nationale est susceptible d'être requise.

Une expérience minimale de six ans d'activités professionnelles diversifiées et qualifiantes pour l'exercice des fonctions de sous-directeur est requise.
Les candidats devront posséder une solide expérience de management et faire preuve d'une réelle aptitude à la négociation. Ils devront disposer d'une connaissance approfondie de l'environnement institutionnel européen et national. La connaissance des politiques publiques menées par le ministère de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire ainsi que de son fonctionnement (administration centrale, services déconcentrés et opérateurs) serait appréciée, de même qu'une expérience en matière budgétaire, d'audits ou de gestion des ressources humaines.
Une expérience interministérielle, dans les institutions européennes ou en services déconcentrés serait un plus.
Compte tenu de l'importance des activités de coordination, le ou la titulaire de l'emploi veille à la liaison étroite avec l'ensemble des sous-directions de la DGPE et des établissements publics. Il ou elle assure la mise en place d'une organisation qui permet une animation efficace des réseaux des partenaires, un suivi rigoureux des procédures d'audits et de contrôles et une offre de services globale aux agents de la DGPE en matière de gestion des ressources humaines.