L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec plus de 200 unités de recherche et 42 unités expérimentales implantées dans toute la France. INRAE se positionne parmi les tous premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Vous travaillerez au sein de l'unité mixte de recherche sur les Herbivores (UMR Herbivores). Cette unité a pour mission de contribuer au développement d'agro-écosystèmes pour un élevage d'herbivores économiquement et environnementalement performant, valorisant des fourrages et autres ressources non concurrentes avec l'alimentation humaine et en accord avec la demande sociétale (bien-être animal, qualité des produits). L'unité regroupe 120 agents, dont la moitié de chercheurs et ingénieurs et accueille 70 non permanents par an (dont une vingtaine de doctorants). Elle est organisée en 5 équipes de recherche, 1 équipe administrative et informatique et 1 équipe de direction. L'unité collabore avec plusieurs plateformes de génomique, protéomique ou métabolomique.
Vous travaillerez au sein de l'équipe Digestion, Nutrition, Aliments, Métabolisme, Microbes (DINAMIC) dont la mission est de comprendre les mécanismes d'ingestion, digestifs et métaboliques contrôlant la nutrition de ruminants en prenant en compte plusieurs dimensions : efficacité d'utilisation des aliments, services/dys-services environnementaux (incluant les rejets de méthane entérique et d'azote), ainsi que le confort digestif et la qualité de produits. Dans ce contexte, les microbiomes associés à l'holobionte ruminal jouent un rôle essentiel ; l'investigation de leur contribution aux traits phénotypiques de l'animal hôte génère des données multi-omiques et multi-dimensionnelles.

Dans un premier temps vous adapterez des méthodes existantes et basées sur la réduction de dimension, les méthodes bayésiennes, et la similarité ; ou vous en proposerez des nouvelles peu documentées à ce jour et basées sur de l'apprentissage machine tel que les réseaux de neurones. Dans un deuxième temps, vous proposerez des méthodologies de préparation, de normalisation et de pondération des données (remplacements de données manquantes, de pondération des données par la variabilité technique...). Enfin, vous appliquerez les méthodes développées à des jeux de données massifs composés de données nutritionnelles, de performances zootechniques, de paramètres physiologiques et de données multi-omiques en vue d'intégrer la composante microbienne en termes de composition et fonction pour la compréhension du phénotype 1) « faible émetteur de méthane » et 2) « métabolisme efficace ».
Au niveau local, vous serez amené-e à collaborer avec des scientifiques clermontois fédérés par le réseau « Aubi-Auvergne Bioinformatique » avec une forte expertise en génomique, épigénomique et métagénomique. Vous pourriez aussi interagir avec des scientifiques du Laboratoire d'Ingénierie pour les Systèmes Complexes qui développent des méthodes quantitatives pour comprendre les différents moteurs de la dynamique des communautés. Au niveau national vous intègrerez le réseau de mathématiciens des Unités INRAE (GABI (Génétique animale et biologie intégrative), département MathNum) et hors INRAE de l'institut mathématiques de Toulouse ou de l'INRIA. Enfin, des laboratoires partenaires des projets européens actuellement en cours vous permettrons de construire votre réseau à l'international. Les perspectives à moyen terme de vos activités sont de proposer des méthodes qui génèrent des connaissances nécessaires pour le décryptage multi-échelle des fonctions du vivant, l'un des objectifs du métaprogramme DIGIT-BIO.

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Ce poste de niveau Ingénieur de Recherche (catégorie A) est à pourvoir par voie de mobilité interne ou de détachement.
Poste ouvert uniquement aux agents titulaires (fonctionnaires) ou contractuels en CDI de droit
public.

Vous êtes titulaire idéalement d'un diplôme M2 GENIOMHE (Genomics Informatics and Mathematics for Health and Environment ; Université d'Evry) ou équivalent ingénieur, et/ou d'un doctorat en mathématique et modélisation.
Vous avez une expérience en statistique et production d'algorithmes pour la biologie ainsi qu'une connaissance:
- des méthodes mathématiques et informatiques pour intégrer des données de biologie;
- de la conduite et le pilotage de projets (analyse des besoins, modélisation/conceptualisation, développement, documentation fonctionnelle et technique, mise en place de tests);
- des techniques de protéomique, transcriptomique et autres « -omiques » afin d'être force de proposition pour l'analyse des données et leur valorisation.
Vous faites preuve d'une très bonne capacité de rédaction d'articles scientifiques, d'une bonne maitrise de l'anglais, d'un intérêt pour la biologie, de qualités relationnelles, d'une grande rigueur et d'autonomie.

Pour postuler, vous devez candidater en ligne sur le site Jobs.inrae.fr :
https://jobs.inrae.fr/mobilite/offres-ponctuelles-mobilite/CAMOB23-TR-DRH-1
Les candidatures par mail ne sont pas acceptées.
Date limite pour postuler : 11/09/2023 à 17h00