L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tous premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Diverses Unités du Département INRAE Santé des Plantes et Environnement (SPE) mènent des recherches sur les interactions entre l'environnement, de la plante au paysage, et les bioagresseurs ou microorganismes bénéfiques dans l'objectif de développer des méthodes efficaces, raisonnées et durables de protection des cultures. Ces travaux nécessitent une chaine de traitement dynamique des données, depuis leur collecte et leur stockage jusqu'à l'analyse et la modélisation de ces interactions. Pour répondre à cet enjeu, l'Unité Pathologie Végétale (PV), qui s'intéresse aux microorganismes phytopathogènes ou bénéfiques, développe depuis 2016 le Système d'Information (SI) PathoBase. Ce SI s'appuie sur un ensemble de modules développés sous le système de gestion de bases de données PostgreSQL/PostGIS et sur une interface homme-machine dans le framework python web2py. Ce SI, interopérable avec d'autres logiciels, contient des informations sur : i) les échantillons biologiques (origine géographique, substrat, taxonomie), ii) les souches de collections de référence sur les microorganismes étudiés, iii) leur localisation et mode de stockage au laboratoire et iv) les expérimentations réalisées (inoculation, PCR), leurs résultats (séquences nucléotidiques) et les diagnostics à destination de la profession. PathoBase est hébergé sur la plateforme GeOpen4S, une infrastructure mutualisée pour la gestion et l'analyse de données géoréférencées sur les agroécosystèmes du centre PACA.

Dans ce contexte vos missions seront:
1) assurer le maintien et l'évolution du SI PathoBase à PV:
-assurer le versioning, le débogage et la création de requêtes génériques et de rapports de synthèse
-analyser l'évolution des besoins des utilisateurs en fonction des modèles biologiques et des projets de recherche et réaliser les développements, les tests et le déploiement des solutions retenues
-assurer la formation des utilisateurs de PathoBase et promouvoir les bonnes pratiques autour de la production, la gestion et le partage des données en interaction avec les Référentes Données Opérationnelles (RDO) de l'Unité
-contribuer à automatiser la saisie des informations dans ce SI via l'utilisation de code-barres, GPS, formulaires d'enquêtes (KoBoToolbox), banques d'images
-participer à la mise en place des pipelines d'analyse (interrogation du SI, préparation des données, exécution de calculs scientifiques)
2) Coordonner progressivement le transfert de l'architecture de Pathobase vers d'autres Unités SPE partageant les mêmes contraintes de gestion, de traçabilité et de partage des données. Dans un premier temps, ce transfert s'effectuera vers 4 Unités (PSH, PHIM, DGIMI et CBGP) au sein desquelles des référent.e.s informatiques prendront en charge les aspects pratiques de l'installation et du maintien du SI dans les Unités. Vous travaillerez avec ces référent.es pour:
-évaluer la faisabilité du transfert du SI en fonction des besoins utilisateurs: nécessité d'adaptation de modules ou de développement de nouveaux modules, évolution de l'interfaçage, etc.
-proposer et implémenter des solutions à tester pour répondre aux besoins identifiés
-former les référent.e.s informatiques des unités aux nouvelles fonctionnalités
-identifier des possibilités concrètes de déploiement répondant aux nécessités de sauvegarde, de restauration et d'accès sécurisé aux données partagées.
Le travail sera réalisé en collaboration étroite avec l'ingénieur ayant développé PathoBase. Vous bénéficierez de l'appui de chercheur.e.s impliqué.e.s dans le développement de ce SI pour clarifier les besoins utilisateurs et prioriser les actions à mener. Vous vous appuierez sur le réseau de compétences en gestion de bases de données des plateformes GeOpen4S et Epidémiologiesurveillance en Santé Végétale à Avignon. Le transfert vers les autres Unités sera réalisé en interactions avec les référent.e.s informatiques et les RDO et sous l'égide de la Direction du Département SPE.

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Travail sur écran,
Déplacements fréquents, en particulier entre Avignon et Montpellier.

Formation recommandée en informatique orientée développement logiciel
Expériences souhaitées
- gestion et/ou développement de bases de données
- traitement de l'information, sous ses aspects à la fois informatique et statistique
Compétences recherchées :
- maîtrise de langages de programmation variés et évolutifs : PostgreSQL, Python, R,
- maîtrise d'environnements de travail en collectif reproductible : linux, git, conda,
- curiosité / ouverture d'esprit / créativité,
- goût du travail en équipe en mode projet,
- intérêt pour la biologie,
- maîtrise de l'anglais.

Ce poste de niveau Ingénieur d'Etudes est à pourvoir par voie de mobilité interne ou de détachement. Poste ouvert uniquement aux agents titulaires (fonctionnaires) ou contractuels en CDI de droit public.

Pour postuler, vous devez candidater en ligne sur le site Jobs.inrae.fr : https://jobs.inrae.fr/mobilite/campagne-annuelle-mobilite/camob23-ie-spe-5

Les candidatures par mail ne sont pas acceptées.

Date limite pour postuler : 11/09/2023 à 17 H 00.