L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Votre activité s'exercera au sein de l'équipe "Bioressources : Imagerie, Biochimie et Structure" (BIBS) de l'Unité Biopolymères - Interactions - Assemblages (BIA) localisée à Nantes. En lien avec les grands axes thématiques de l'unité et du département TRANSFORM, la spécificité de BIBS repose sur la mise en commun d'un ensemble d'expertises (14 agents titulaires INRAE dont 1 CR, 7 IR, 5 IE et 1 TR) et d'outils (spectrométrie de masse, RMN, microscopie, chemotypage et traitements numériques) très performants pour caractériser les bioressources et bioproduits en lien avec leurs usages alimentaires et non-alimentaires. Plus spécifiquement, BIBS développe son expertise autour de l'imagerie multi-modale et l'analyse structurale des biopolymères. BIBS est par ailleurs labelisée (à différents niveaux, régional et national), certifiée ISO9001 et intégrée dans des infrastructures de recherche nationales (PHENOME-EMPHASIS et CALIS) et dans l'infrastructure du département INRAE/TRANSFORM PROBE.

Un des objectifs majeurs de la plateforme BIBS est d'améliorer ses capacités d'analyse des données qu'elle génère, pour optimiser leur interprétation et leur exploitation. Ceci pose de nouveaux défis méthodologiques liés à la nature variée des données (spectres de masse, Raman, signaux RMN, images), à la complexité du signal, à leur volumétrie importante, ou au manque d'outils de traitement adaptés.

Dans ce cadre, votre mission principale (70%) consistera à développer des méthodes originales pour améliorer l'exploitation des données issues de la plateforme, en particulier pour quantifier l'information qu'elles contiennent et faciliter leur interprétation. Les compétences attendues relèvent des mathématiques appliquées : traitement du signal, fouille de données, ou encore approches d'intelligence artificielle par apprentissage. Vos travaux concerneront le débruitage du signal (alignement de spectres, deisotoping), l'extraction de l'information (sélection de pics), ou gestion de collections de spectres. Vous généraliserez les approches déjà dévelopées dans l'équipe et proposerez des solutions nouvelles adaptées aux spécificités des données : spectres continus et discrets, volumétrie, grandes collections... Vous diffuserez vos développements sous la forme d'outils logiciels interopérables. Vous participerez à l'analyse et à l'interprétation des résultats, et serez en charge de la valorisation de vos développements.
Par ailleurs, vous serez amené-e à vous impliquer dans le partage et la gestion des données de la recherche (« Open Data ») au sein d'un groupe de travail de l'infrastructure INRAE/TRANSFORM PROBE (mission complémentaire, 30%). En interaction avec les « producteurs de données » et les référents données des quatre plateformes INRAE/TRANSFORM de PROBE, vous aborderez les questions relatives au stockage des données et à la gestion des meta-données, afin de tendre à une meilleure interopérabilité des données de l?infrastructure.
Vous serez rattaché-e au pôle bio-informatique de BIBS actuellement composée de quatre ingénieurs (2 IR et 2 IE). Vous serez également amené-e à travailler en interaction forte avec les membres des composantes analytiques de BIBS ainsi qu' avec les scientifiques de l'unité. Vous bénéficierez d'un environnement déjà fortement pluri-disciplinaire, et pourrez vous appuyer sur un large réseau de collaborations au niveau régional et national.
Vos activités
- Développement de méthodes innovantes pour le traitement des signaux
- Formalisation algorithmique et implémentation logicielle
- Montage et conduite de projets
- Valorisation des résultats (articles, posters, présentations...)
- Diffusion des développements sous forme de logiciels
- Encadrement (stagiaires, doctorants)

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Formation recommandée : ingénieur ou docteur en traitement du signal, mathématiques appliquées, informatique ou algorithmique, et ayant un fort intérêt pour les applications en biologie et biochimie.
Une première expérience significative illustrant la capacité à s'approprier une problématique de traitement de données est fortement recommandée.
Compétences recherchées :
- Traitement du signal
- Algorithmique
- Statistiques appliquées
- Ingénierie logicielle
- Goût pour les projets en multidisciplinarité
- Communication écrite et orale en anglais

Pour postuler, vous devez candidater en ligne sur le site Jobs.inrae.fr :

https://jobs.inrae.fr/mobilite/campagne-annuelle-mobilite/camob23-ir-transfo-1 

Les candidatures par mail ne sont pas acceptées.

Le poste est à pourvoir dans le cadre de la campagne de mobilité 2023. 

Poste ouvert uniquement aux agents titulaires (fonctionnaires) ou contractuels en CDI de droit public.