Rejoignez SIGENAE sur le site INRAE de Jouy-en-Josas. SIGENAE est une plateforme de bioinformatique spécialisée dans le traitement des données de génomique animale, regroupant 8 ingénieurs permanents, 6 situés à Toulouse et 2 à Jouy-en-Josas. Ils aident les biologistes à extraire les connaissances scientifiques des jeux de données générés par séquençage et génotypage à haut débit. Ils développent et maintiennent des logiciels, des bases de données et des interfaces à destination des biologistes, font de l'expertise et de la formation. Les membres de SIGENAE sont positionnés dans les unités recherche pour favoriser l'interaction avec les scientifiques tout en bénéficiant d'un contexte d'experts en bioinformatique.

Vous serez rattaché-e à l'unité mixte de recherche INRAE/AgroParisTech Génétique Animale et Biologie Intégrative (UMR GABI) au sein du pôle de bioinformatique et biostatistiques. Les recherches de l'unité visent à comprendre et exploiter la variabilité génétique des animaux pour sélectionner les génotypes et phénotypes d'intérêt en élevage, les interactions avec les écosystèmes microbiens et l'environnement au sens large, dans un contexte de transition agro-écologique. L'unité GABI a démontré ces dernières années sa forte capacité à porter des projets d'envergure et front de science, aussi bien au niveau local, national qu'international (ANR, Européens, PEPR). Les données générées, de nature très diverses permettent de comprendre les liens entre phénotype, génome, épigénome et métagénome. Leur traitement requiert des compétences méthodologiques de pointe en analyse et intégration.

Votre mission consistera à conseiller et appuyer les scientifiques de l'unité GABI, ainsi que d'autres unités collaborant avec SIGENAE, pour choisir et mettre en oeuvre les méthodes d'analyses adaptées et approfondies à utiliser. En particulier, vous aurez à prendre en charge des projets de transcriptomique, détections et annotation de variants (ponctuels ou structuraux) ou épigénétique qui sont en demande croissante au sein de l'unité. Vous serez impliqué.e tout au long des projets, depuis leur montage pour conseiller sur le plan d'expérience et les ressources à prévoir notamment de stockage et de sauvegarde à l'interprétation des résultats et jusqu'à leur valorisation.
Au-delà de la prise en charge des projets d'analyse, il vous sera également demandé de développer, maintenir et mettre à disposition des chaînes de traitements automatisés et d'animer des formations associées pour rendre les scientifiques autonomes sur l'analyse de leurs propres données.

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Vous avez une formation en bioinformatique ou science des données. Vous avez également des compétences en analyse de données omiques. La maitrise de l'environnement Linux/Unix et de l'utilisation d'un cluster de calcul ainsi qu'un niveau avancé de programmation dans au moins un langage (scripting unix, Python, Java ) est nécessaire. Il serait souhaitable que vous soyez familiarisé avec les outils de reproductibilité incluant gestionnaires de version (git), de virtualisation (conda, singularity, docker) et gestionnaires de workflow (snakemake / nexflow). La maitrise de l'anglais (lu, parlé, écrit) est indispensable.
Vous devez être capable de travailler en équipe, en interaction avec des bioinformaticiens, biostatisticiens, biologistes et généticiens. Vous devrez savoir faire preuve de pédagogie pour présenter de manière accessible votre travail et animer des formations.