Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Nous recherchons un.e ingénieur.e en bioinformatique très motivé.e et créatif.ve pour rejoindre l'équipe « Mécanismes fondamentaux et pathophysiologiques impliqués dans les ataxies » à l’Institut Neuromyogène - Laboratoire Physiopathologie et Génétique du Neurone et du Muscle, France. L'agent fera partie d'une équipe de recherche qui se concentre sur les mécanismes impliqués dans les ataxies héréditaires à partir de modèles animaux ou cellulaires. L'agent aura pour mission de développer des méthodes bioinformatiques et statistiques pour analyser, interpréter et intégrer les données omiques à haut débit générées (scRNA-seq, snRNA-seq, spatial transcriptomics, protéomique). L'agent travaillera avec divers membres de l'équipe.
Activités :
- Analyser et interpréter les résultats omics (scRNA-seq, snRNA-seq, spatial transcriptomics protéomique) de façon autonome
- Présenter ses résultats au reste de l'équipe lors de réunions
- Etre force de proposition dans le contexte de ses missions

Contexte de travail :
L’activité s’exercera au sein de l’UMR5261, qui se situe à la faculté de Médecine et de Pharmacie Rockefeller. L’Institut NeuroMyoGène est dédié à l’étude de la physiopathologie du muscle et du système nerveux, avec une ouverture vers la recherche clinique et translationnelle. Avec 12 équipes de recherche soit environ 150 personnes, la plus forte concentration en France d’équipes se focalisant sur les maladies neuromusculaires, les objectifs de notre unité sont d’élucider des aspects fondamentaux de la biologie du muscle et du système nerveux, depuis le développement embryonnaire jusqu’au vieillissement. Nos équipes de recherche déploient des méthodes d’approche multidisciplinaire allant du gène aux fonctions physiologiques.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Obligatoire :
Solides compétences en codage à l'aide de R ou python et connaisance de bases dans les deux languages
Expérience approfondie de l'analyse de données de séquençage transcriptomique
Expérience dans le développement d'algorithmes ou de pipelines de séquençage transcriptomique (alignement, analyse de l'expression différentielle, etc…)
Niveau B2 en anglais requis
Préférable :
Expérience dans l'analyse de données de séquençage de cellules uniques
Expérience en analyse de données obtenues avec la technologie 10X Genomics
Expérience avec git et les lignes de commande basées sur Unix/Linux
Expérience préalable en termes d'extraction d'informations biologiques à partir de données NGS et des principales bases de données bioinformatiques
Expérience préalable de la mise en œuvre de bases de données et/ou de la création de logiciels (i.e. shiny apps)
Connaissances / compétences en analyse biostatistique
Intérêt pour les neurosciences

Contraintes et risques :