Poste ouvert à la mobilité
L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Le poste est à pourvoir au sein de l’Institut de Génomique Fonctionnelle, une unité mixte INSERM-CNRS-Université de Montpellier, composée d’environ 300 personnes qui travaillent en neurosciences, physiologie cardiaque et endocrine et en oncologie. Les projets développés par les différentes équipes de recherche s’appuient sur une stratégie multi-échelle, ‘de la molécule aux systèmes’. Ils combinent des études structurales, biochimiques, génétiques, épigénétiques, omiques, physiologiques et comportementales. Un effort particulier est mis sur le développement des études cellule-unique à travers des approches multi-omiques, nécessaires pour aborder la complexité du vivant.

La plateforme MGX sert la communauté biomédicale montpelliéraine en proposant de nombreuses applications basées sur le séquençage haut débit : transcriptomique (RNA-seq, smallRNA-seq), y compris sur cellules uniques (scRNAseq), identification de variants (mutations ponctuelles, SNP, indels, CNV), génotypage (RADseq, GBS), architecture chromatinienne et épigénomique (ChIP-seq, RRBS, WGBS), y compris sur cellules uniques (scATAC-seq)… La plateforme est membre du noyau central de l’infrastructure nationale France Génomique, labellisée par le GIS IBiSA et est certifiée ISO9001 et NFX50-900.

La personne recrutée aura pour mission de concevoir, d’organiser et de réaliser la collecte et l’analyse de données issues du séquençage haut débit (NGS).

Le/la candidat(e) participera à la gestion de l’infrastructure de calcul et de stockage, encadrera les personnels contractuels bio-informaticiens et organisera des formations internes et externes.

Activités principales : 

·        Conseiller les utilisateurs de la plateforme, incluant les équipes de l’IGF, et gérer leurs projets,

·        Gérer les données NGS et assurer leur contrôle qualité,

·        Réaliser des analyses bio-informatiques et statistiques des données NGS,

·        Rédiger des rapports d’analyse,

·        Rédiger des matériels et méthodes pour les publications,

·        Soumettre les données NGS aux bases de données ad hoc (GEO, ENA…),

·        Réaliser des projets de R&D pour l’analyse des données NGS,

·        Former et encadrer les stagiaires étudiants et les agents contractuels,

·        Organiser des formations à destination des thésards, post-doctorants, ingénieurs et chercheurs,

·        Gérer et maintenir des outils informatiques partagés,

·        Participer à l’administration système des serveurs de calculs et de stockage,

·        Participer à la démarche qualité de la plateforme et à sa certification,

·        Communiquer lors de conférences ou de groupes de travail,

·        Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité.

• L’ingénieur-e interagira avec les autres biostatisticiens et avec les biologistes moléculaires de la plateforme ainsi qu’avec les membres des équipes de recherche de l’IGF.

Attention, poste ouvert uniquement à la mobilité des fonctionnaires.

Connaissances : 

·        Connaissances approfondies en statistiques et informatique

·        Connaissances élémentaires en biologie moléculaire et NGS

·        Anglais technique écrit et oral

Savoir-faire :

·        Choisir et mettre en œuvre un ensemble cohérent d’outils mathématiques, statistiques et informatiques adaptés au traitement des données,

·        Évaluer une solution informatique,

·        Anticiper les évolutions fonctionnelles et techniques,

·        Rédiger et mettre à jour la documentation fonctionnelle et technique,

·        Pratiquer une veille technologique,

·        Mettre en forme et présenter des résultats aux utilisateurs.

Aptitudes : 

·         Communication

·         Pédagogie

·         Organisation

Expérience(s) souhaitée(s) : 

·        Pratique avancée de la programmation en R.

·        Pratique de la programmation dans un autre langage, si possible Python.

·        Installation et utilisation de librairies.

·        Rédaction de rapports.

Niveau de diplôme et formation(s) :

·    Master, diplôme d’ingénieur-e ou Doctorat

·    Domaine de formation souhaité : biométrie, bio statistiques, biomathématiques, bio-informatique, biologie, biochimie, biotechnologies

·    Temps plein

·    Nombre d’heures hebdomadaires : 38h30

·    Congés Annuels et RTT : 44 jours annuels