Pour transmettre les connaissances, comprendre le monde et relever les défis du 21e siècle, une nouvelle université est née le 1er janvier 2018, issue de la fusion entre les universités Paris-Sorbonne et Pierre et Marie Curie. Sorbonne Université est une université pluridisciplinaire, de recherche intensive et de rang mondial. Ancrée au cœur de Paris, présente en région, elle est engagée pour la réussite de ses étudiants et s’attache à répondre aux enjeux scientifiques du 21e siècle. www.sorbonne-universite.fr

Le Laboratoire d'Océanographie de Villefranche (LOV ; http://lov.obs-vlfr.fr/) est situé près de Nice, sur la Côte d'Azur, dans l'une des trois stations marines de Sorbonne Université. Avec environ 90 employés, le LOV génère et analyse une grande quantité de données marines, notamment des données d'imagerie, génomiques et satellitaires, pour étudier l'océan.

Ce poste est à pourvoir au sein de la faculté des sciences et ingénierie • http://sciences.sorbonne-universite.fr

L'équipe COMPLEx (COMPutational PLAnkton Ecology) compte une quarantaine de membres qui étudient le plancton marin en collectant des données avec des instruments d'imagerie quantitative et de la génomique à haut débit, qui viennent alimenter des méthodes d'analyse numérique (modélisation, statistiques, apprentissage automatique). Le plancton englobe tous les organismes dérivant avec les courants marins. Ces organismes produisent une partie de l'oxygène que nous respirons, stockent le carbone que nous émettons, nourrissent les poissons que nous mangeons ; le plancton est donc un élément constitutif majeur de l'écosystème terrestre. COMPLEx interagit fortement avec la Plateforme d'Imagerie Quantitative de Villefranche (PIQv ; https://sites.google.com/view/piqv), qui supervise l’opération des outils que l'équipe développe. Ces outils incluent des capteurs d'imagerie, tels que l’Underwater Vision Profiler (UVP) ou le ZooScan, ainsi qu’un nombre croissant de logiciels pour le traitement et le contrôle qualité des données des instruments, le tri taxinomique d’images (https://ecotaxa.obs-vlfr.fr/) ou le stockage et la distribution de de données d’abondance de neige marine. L’équipe a une longue expérience d'interaction avec des ingénieurs et des informaticiens, dans le monde universitaire ou le secteur privé, pour développer ces outils.

La personne recrutée travaillera notamment dans le cadre des projets DTO-BioFlow, BiOcean5D et BlueCloud2026.

 CDD de 12 mois renouvelable

Fonctions : Gestionnaire de grands jeux de données en écologie du plancton F/H

Emploi-type : Ingénieur biologiste en traitement de données - A2A41

Catégorie : A

Corps :  IGE

BAP : A

Mission :

La mission de ce data manager sera de faciliter la gestion des grands jeux de données d’imagerie générés par l’équipe (plusieurs millions d’enregistrements) ; cela impliquera la requête des données, leur contrôle qualité, et leur visualisation dynamique.

Activités principales :

• Écrire et mettre en œuvre des outils de requête dans les bases de données de l’équipe et les bases internationales pour assembler des jeux de données complets pour la recherche.
• Écrire et mettre en œuvre des filtres de contrôle qualité sur les données extraites ; documenter ce contrôle qualité et en conserver la trace durant toute la vie de la donnée.
• Écrire et publier des applications de visualisation et d’exploration dynamique des données extraites, pour les rendre accessible en temps réel.
• Opérationnaliser et maintenir le calcul de produits dérivés des données brutes (produits gridés, interpolés, etc.)

Autres activités :

Soutien des personnels de l’équipe (notamment étudiants) à l’écriture de code impliquant de grands jeux de données. Écriture et mise à disposition de petits codes interne permettant d’automatiser des processus et de résoudre des problèmes.

Encadrement :  Non

Conditions particulières d'exercice :

• Contrat de 12 mois, renouvelable. Salaire entre 2276 et 3560€ brut mensuels selon expérience et formation. Congés jusqu’à 55 jours par an.
• Le laboratoire est situé à Villefranche sur mer et propose un accès direct à la rade de Villefranche.

Connaissances transversales requises :

• Nature et formats de données en écologie, notamment marine (.csv mais aussi netCDF, éventuellement .parquet)
• Connaissances générales en écologie, si possible en océanographie biologique, voire en planctonologie.
• Statistique et traitement de données (transformations usuelles, détection d’outliers, analyses multivariée simples)
• Visualisation de données (graphiques usuels -boxplot, violin plot, etc.- mais aussi cartographie et graphiques dynamiques, impliquant du javascript)
• Éventuellement : traitement d’images (segmentation, mesure)
• Éventuellement : apprentissage supervisé pour la classification d’images
• Langue anglaise : B1 à B2

Savoir-faire :

• Maitrise avérée de la programmation dans un langage de traitement de données (R ou/et Python)
• Connaissance fine des libraires pour le traitement et la visualisation de données (tidyverse en R ; numpy, pandas, matplotlib, etc. en Python)
• Expérience avec un outil de visualisation/d’exploration dynamique de données (shiny en R ; Dash en Python)
• Éventuellement : familiarité avec les outils de computer vision et/ou de machine learning associés (scikit-image, TensorFlow, Pytorch).

Savoir-être :

• Attrait le travail en équipe, afin répondre aux besoins/sollicitations de nombreuses personnes
• Bonne capacité d’organisation et d’autonomie
• Goût pour l’écriture de code informatique.

 CDD de 12 mois renouvelable

Toute candidature (CV et lettre de motivation) doit impérativement être envoyée a l'adresse mail suivante : jean-olivier.irisson@imev-mer.fr