AMAP - botAnique & Modélisation de l'Architecture des Plantes et des végétations

Parxel vise à développer un logiciel de simulation du développement des plantes dans différents contextes environnementaux. L'outil peut être appliqué à des contextes agronomiques ou forestiers, agroforestiers, en chambre de culture, en serre ou en système agrivoltaiques. Notre approche repose sur l’utilisation de plusieurs packages en Julia qui permettent de décrire les systèmes, de prototyper, de calibrer, de coupler et d’évaluer des modèles à différentes échelles. Les packages "socles" de bas-niveau sont:
1. MultiScaleTreeGraph.jl : Ce package est dédié à la représentation de scènes décrites à plusieurs échelles. Il permet de modéliser des systèmes allant du niveau de la feuille jusqu’à celui de la parcelle ou du paysage.
2. PlantMeteo.jl : Ce package facilite l’acquisition, le calcul et la standardisation de données météorologiques, essentielles pour la simulation du développement des plantes.
3. PlantSimEngine.jl : Il s’agit du moteur de simulation de Parxel.Il permet de coupler des modèles de façon automatique, et de lancer des simulations en parralèle selon les pas de temps, les objets, et les couplages de modèles.

Vous serez basé.e à Montpellier au sein de l’UMR AMAP. Vous serez accueilli.e au sein du thème FSPM et encadré.e par Rémi Vezy (remi.vezy@cirad.fr) assisté de Thomas Arsouze (thomas.arsouze@cirad.fr). Rémi Vezy est chercheur en modélisation des plantes, porteur du thème FSPM à AMAP, et porteur du projet Parxel. Thomas Arsouze est ingénieur en développement informatique et point de contact pour Macs4Plants, le réseau intra-CIRAD de modélisation des plantes.

Évaluer la qualité des codes; concevoir des méthodes pour la modélisation, le calcul et la visualisation des résultats; apporter une expertise dans l'utilisation des techniques informatiques pour la modélisation et la simulation de phénomènes physiques. Plus en détail, les différents packages qui définissent les briques de base de l'outil de simulation sont développés par un chercheur en modélisation des plantes. Ils sont déjà utilisés par plusieurs utilisateurs, mais l'équipe souhaite apporter plusieurs améliorations avant de diffuser plus largement les outils. L'attente auprès de la personne recrutée est de "professionaliser le code" des packages socles, c’est-à-dire de reviewer le code avec l'équipe de modélisateurs et d'ingénieurs informaticiens, d'identifier des pistes d'amélioration, de stabiliser l'API des packages, et de régler certains bugs déjà identifiés par l'équipe. L'objectif étant de pouvoir continuer à développer les packages de plus haut niveau qui utilisent ces briques de base, puis de diffuser à une plus large communauté.

Activités :
- Aider l'équipe à fermer les "issues" sur le dépôt Github de PlantSimEngine et potentiellement d'autres packages socle (MultiScaleTreeGraph, PlantMeteo): https://github.com/VirtualPlantLab/PlantSimEngine.jl/issues

- Analyser le code actuel pour identifier de potentiels "bottlenecks" dans les performances de calcul, ce peut être par exemple le type de structure utilisées ou la façon d'échanger les variables entre modèles. Une attention particulière sera portée sur la stabilité des types. Les packages suivants pourront par exemple être utilisés: Bumper.jl, AllocCheck.jl, JET.jl, Cthulhu.jl.
- Redéfinir/standardiser la façon dont les pas de temps, les objets, et les modèles intéragissent. Le Package PlantSimEngine se charge de la gestion de ces interactions, qui pourront être améliorées pour permettre un meilleur passage à l'échelle.

D'autres tâches pourraient aussi être abordées si la personne recrutée le souhaite:
- Fournir un appui pour aider à la compatibilité des packages avec ceux de VirtualPlantLab et ceux de la plateforme OpenAlea.
- Investiguer comment compiler les modèles/l'outil complet en fichier executable diffusable (StaticCompiler.jl, PackageCompiler.jl)
- Développer un premier prototype d'interface graphique pour Parxel

Titulaire d'un master dans le domaine de l'informatique, de l'ingénieurie logicielle, ou du calcul scientifique, si possible avec plus de deux ans d'expérience. Connaissances en génie logiciel, amélioration des performances, design d'architecture logicielle, si possible en calcul scientifique (calculs distribués, GPU). La connaissance du language de programmation Julia serait un plus, et à défaut, la connaissance d'un language bas niveau serait alors souhaitée (e.g. C, C++, Rust). Autonomie de travail, capacité de conceptualisation, curiosité, approche pro-active.

Dépôt CV et Lettre de Motivation : https://umemplois.umontpellier.fr/poste/2024-R0197
Référence de l’offre à rappeler dans votre lettre de motivation : 2024-R0197
Clôture des candidatures le 24/04/2024 à 23h59
Contacts :
- Organisation du recrutement : drh-recrut-biats@umontpellier.fr / 04 67 14 99 30
- Renseignements sur le poste : remy.vezy@cirad.fr / 04 67 61 44 55