Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Mission :
L'Expert.e en calcul scientifique travaillera au sein de l'équipe « Multiscale Modelling of Biological
Membranes and their interactions » (M2BMi) du LMGM pour le développement et le déploiement de
nouvelles méthodes de modélisation multi-échelles de macromolécules biologiques lipidiques et
nucléiques en relation avec leurs partenaires protéiques.
Il/Elle développera des approches d'intelligence artificielle (IA) appliquées à la modélisation de
systèmes moléculaires ainsi qu'à leurs interfaces (lipides, protéines, et acides nucléiques).

Activité :
Le/la candidat.e sera en charge de :

- Développer des méthodes innovantes pour exploiter les données d'interactions entre macromolécules
biologiques (en particulier lipides, protéines et acides nucléiques) générées par les différentes
méthodes de modélisation utilisées au sein de l'équipe d'accueil.
- Piloter des projets techniques permettant le déploiement de workflows de modélisation multi-
échelles (de l'atome à l'organisation multi-cellulaire).
- Développer des codes scientifiques, pour la visualisation, l'analyse, et la compréhension de la
dynamique des systèmes moléculaires.
- Assurer la gestion du cycle de vie des données de calcul générées par l'équipe, leur organisation
et le suivi de leur exploitation.
- Assurer l'intégration des données, obtenues expérimentalement au sein de l'institut et des
partenaires extérieurs, aux modèles numériques et multi-échelles.
- Travailler à l'interface avec les équipes d'expérimentateurs et proposer des méthodologies
innovantes, basées sur la modélisation moléculaire et l'IA.
- Organiser les données de modélisation multi-échelles en vue de leur utilisation dans des approches
de machine learning.
- Mutualiser les compétences techniques de l'IA et des modèles de dynamique moléculaire.

- Apporter un support technique aux membres junior de l'équipe d'accueil.
- Travailler avec les équipes du centre de calcul régional (CALMIP) pour le déploiement des
nouvelles méthodes de modélisation multi-échelles et d'IA sur super-calculateur.
- Assurer une veille technologique des nouvelles méthodes de modélisation multi-échelles et d'IA
appliquées à la compréhension de la dynamique des systèmes moléculaires et cellulaires.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Contexte :
Ce poste sera intégré dans l'équipe M2BMi nouvellement créée au LMGM au CBI. Cette équipe développe
des méthodologies innovantes pour la modélisation multi-échelles et l'intégration des données
expérimentales aux modèles numériques, afin de mieux caractériser le comportement biophysique des
membranes biologiques et des protéines se trouvant dans ou à la périphérie de ces membranes. Ces
approches sont en progression continuelle grâce aux récents développements informatiques et à
l'évolution constante des puissances de calculs informatiques.
De plus, elles sont très complémentaires aux approches expérimentales puisqu'elles permettent
d'obtenir des informations précieuses et difficiles à obtenir autrement sur les propriétés
biophysiques et dynamiques des systèmes biologiques à des échelles nano-mesomètrique. Ainsi, ces
approches de modélisation sont mises en œuvre par l'équipe pour étudier des processus biologiques
indispensables au développement en collaboration avec des équipes du LMGM, et aussi de l'unité MCD
au CBI.

Par ailleurs, l'équipe M2BMi renforcera les outils informatiques d'IA développés dans l'équipe MAMBO
dirigée par P Weiss au CBI, afin de développer des nouvelles approches méthodologiques combinant IA
et modélisation moléculaire pour permettre une meilleure intégration entre les modèles numériques et
les données expérimentales, une interface innovante à laquelle sera pleinement associé-e l'IR
recruté-e.
Competence :
Connaissances

- Connaissances en structure des molécules biologiques
- Connaissances des outils de calcul scientifique liés à la modélisation moléculaire (Gromacs, NAMD,
AMBER, Tinker-HP).
- Connaissances en modélisation moléculaire (amarrage moléculaire), et en simulations de dynamique
moléculaire (minimisation, équilibration, production).
- Expertise dans l'interprétation des simulations numériques.
- Connaissance des programmes d'IA appliqués à la biologie structurale (AlphaFold, modèles de
diffusion).
- Expertise dans les techniques et langages de programmation propres aux approches de modélisation
moléculaire (Python, Tcl, ou C).
- Bonne expression et compréhension de l'anglais (oral et écrit), niveau B2 à C1 du cadre européen
commun de référence.

Compétences opérationnelles

- Capacité à programmer et développer des pipelines et outils informatiques.
- Capacité à mettre en œuvre des analyses statistiques en lien avec les données issues des modèles
numériques développés.
- Être en soutien technique aux équipes scientifiques du site.
- Rédiger des documents techniques (manuels utilisateurs) et participer à la rédaction de
publications scientifiques.
- Accompagner et conseiller les collaborateurs.
- Communiquer et faire preuve de pédagogie.
- Assurer une veille technologique et scientifique.

Campgane printemps 2024