Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique.

Missions :
Le(a) candidat(e) participera à un projet qui vise à mieux connaître les diversité et l’évolution des modifications épigénétiques chez les unicellulaires eucaryotes (protistes), en particulier chez les flagellés.
Dans ce cadre, le(a) candidat(e) participera à 1) la préparation de matériel (ARN et ADN) pour le séquençage de transcriptomes, de génomes et de méthylomes, et 2) leur assemblage, annotation et analyse bioinformatique.
Activités :
Les activités concernent :
- la préparation de cultures de microorganismes eucaryotes, avec une emphase sur des groupes de protistes sous-étudiés;
- l'extraction d'ARN et d'ADN pour le séquençage avec des techniques NGS (Illumina, Nanopore, Hi-C, méthylation…), à partir de cultures ou de cellules uniques (single-cell);
- l'assemblage et l’annotation des données de séquence afin d’obtenir des génomes d’excellente qualité;
- la réalisation d’analyses bioinformatiques pour l’étude de l’épigénome;
- l’étude phylogénétique de certains gènes d’intérêt.
Contexte de travail :
L’unité Ecologie, Systématique et Evolution (ESE) est un laboratoire CNRS - Université Paris-Saclay - AgroParisTech, localisé sur le campus de l'Université Paris-Saclay à Gif-sur-Yvette, à 20 kms au sud de Paris.

Le(a) candidat(e) mènera son travail au sein de l'équipe DEEM (Diversité, Ecologie et Evolution Microbiennes: http://www.deemteam.fr) qui s'intéresse à la diversité des microorganismes et à leur évolution en utilisant des approches de phylogénie moléculaire et de génomique comparative.

Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche.

Competences :
Nous considérerons des candidats de préférence avec un excellent niveau de connaissances en bioinformatique (dans l'analyse de transcriptomes et/ou de génomes pour les étapes d'assemblage, nettoyage de données, annotation et analyse phylogénétique). Une formation en microbiologie (maintenance de cultures de protistes, préparation de matériel pour le séquençage) est souhaitable. C’est un projet ambitieux qui demandera de la part du candidat un réel sérieux et engagement.
Langues anglais (écrit, oral).
Bonne capacités de présentation et de communication.
Autonomie, capacité d'organisation.
Capacités de synthèse et d'analyses critiques.
Contraintes et risques :