Vous interviendrez principalement dans le cadre des activités de recherche de l’unité AB2R et du mandat de référence du Laboratoire de Référence de la résistance antimicrobienne. Vos travaux s’inscriront dans le cadre de la sécurité alimentaire et s’articuleront autour du programme de travail de l’Unité. Ils porteront sur le développement d’approches méthodologiques et de pipelines informatiques pour l’analyse conjointe de données biologiques variées produites au cours des projets pour mieux comprendre l’écologie microbienne et le résistome, ainsi que leurs évolutions suite à l’exposition à des contaminants chimiques (biocides, antibiotiques) sur la chaine alimentaire. Ces données issues de la caractérisation d’isolats bactériens, de microbiomes de surfaces d’environnement alimentaires, de microbiotes intestinaux seront de différentes natures (phénotypiques : CMI, courbe de croissance, index biofilm ; génomiques : WGS, NGS, métagénomique, qPCR).

Le laboratoire de Fougères regroupe 65 agents répartis en 4 unités. Il exerce ses activités dans les domaines de la sécurité alimentaire, de la médecine vétérinaire et de l’hygiène des aliments. La mission du laboratoire est de contribuer à une meilleure connaissance des bénéfices et des risques associés à l’utilisation des médicaments vétérinaires et des biocides désinfectants par la filière agroalimentaire. Il analyse également les effets des antimicrobiens (antibiotiques et biocides) sur l’antibiorésistance et caractérise les dangers toxicologiques associés aux contaminants.

Au sein du laboratoire, l’Unité Antibiotiques, Biocides, Résidus et Résistance (AB2R) mène des travaux de recherche et de référence sur 3 thématiques : - le développement et la validation de méthodes biologiques de détection de résidus de médicaments vétérinaires dans les denrées alimentaires (pour les mandats de Laboratoire de Référence National (LNR) et Européen (LRUE)) – la résistance aux antibiotiques des bactéries d’origine animale en lien avec les pratiques vétérinaires (mandat LNR) – l’impact de l’usage des biocides sur la résistance des bactéries aux antibiotiques.

Vous rejoindrez une équipe de 10 agents permanents (6 scientifiques et 4 techniciens) et un nombre variable d’agents contractuels ou étudiants (CDD, doctorants, post-doctorants, masters, apprentis) pouvant être recrutés dans le cadre de projets. Vous serez sous la responsabilité hiérarchique du chef d’Unité.

Activité 1 :

Ø  Activités de recherche :

- Analyser les séquences génomiques : assemblage de novo de génomes, recherche de gènes/mutations, de voies métaboliques,

- Analyser la phylogénétique intra-espèce et inter-espèce,

- Analyser des métagénomes (résistome, mobilome) et caractériser l'écologie microbienne,

- Analyser l'expression différentielle de gènes : transcriptomique, RNA-seq, analyses RT-qPCR,

- Développer des approches multi-omics (protéomique, métabolomique).

Ø  Activités de surveillance/référence en antibiorésistance (LNR-RA) :

- Rechercher des gènes de résistance aux antibiotiques, biocides, métaux lourds, éléments génétiques mobiles,

- Rechercher des contaminations intra-espèce,

- Mettre en œuvre une veille informatique de bases de données de gènes d'antibiorésistance,

- Optimiser les données de CMI (y compris en relation avec le WGS) pour la valorisation des données produites par le LNR.

Activité 2 :

Ø  Développer de nouveaux outils d'analyses :

- Pipeline d'analyses de séquençage de génome complet pour la recherche et la surveillance,

- Pipeline d'analyses de données de métagénomiques pour les activités de recherche,

- Veille informatique sur de nouveaux outils ou méthodes d'analyses,

- Création et gestion des bases de données dédiées pour les scientifiques.

Activité 3 :

Ø  Participer à des réseaux de connaissances/ groupes de travail à l'échelle nationale :

- Monter des projets et harmoniser des outils,

- Représenter l’Unité et le Laboratoire.

Bac+5 à Bac+8 souhaité (Bac+3 minimum)

Expérience appréciée dans la gestion de projets en biologie et sur la thématique de la résistance bactérienne aux antimicrobiens/biocides.

§   Compétences :

• Compétences scientifiques et techniques en analyse de données de séquençage (NGS, WGS, RNA seq, métagénomique, gènes de résistance aux antibiotiques, aux biocides, éléments génétiques mobiles …)  

• Connaissance de l'environnement Unix (Bash, Awk),

• Langages de programmation (Python et R),

• Système de gestion de pipeline (Snakemake, Nextflow),

• Utilisation de clusters de calcul à distance (SLURM, connexion SSH),

• Langage de gestion de base de données (MySQL, PHPMyAdmin),

• Aptitude à l’analyse bibliographique,

• Travail en équipe,

• Qualité d’écoute et de communication,

• Autonomie et initiative.