L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

L'unité mixte de recherche (UMR) BIOEPAR est une unité de recherche de 75 personnes (hormis les stagiaires dont 50 titulaires) hébergée sur le site d'Oniris. Son objectif scientifique est de comprendre et d'agir sur les déterminants et la transmission des maladies infectieuses des animaux d'élevage dans une approche multidisciplinaire et multi-échelle. Vous serez affecté-e à l'équipe TIBODI qui comprend 6 chercheurs ou enseignants-chercheurs et trois personnels techniques, et qui mène des recherches sur la biologie, l'écologie et la génétique des tiques et des agents pathogènes dont elles sont les vecteurs. Ses objectifs sont de caractériser la génétique des tiques et des agents pathogènes transmis par les tiques pour la santé animale et publique et de comprendre les déterminants de leur écologie dans les agro-écosystèmes en zone tempérée. Les recherches de l'équipe portent notamment sur la diversité génétique, la structure et l'évolution comparée des génomes de différentes espèces de tiques ayant des profils écologiques variés. Vous travaillerez principalement avec deux chercheurs de TIBODI en biologie évolutive, et fournirez un appui à deux autres équipes de l'unité qui travaillent sur des génomes bactériens.

Votre travail se fera principalement dans le cadre des projets de l'équipe TIBODI. Vous serez amené à interagir avec d'autres équipes de recherche en génomique partenaires de TIBODI, Genoscope /CEA à Evry et la plateforme BIPAA à L'IRISA de Rennes.
Vous devrez nourrir et gérer une importante base de données intégrant les séquences génomiques de différentes espèces de tiques, dont quatre génomes sont déjà séquencés dans le cadre du projet GenIric que nous avons porté. Vous devrez également intégrer dans cette base les données déjà publiées pour d'autres génomes de tiques, afin de faciliter leur comparaison. Vous contribuerez au traitement des données de transcriptomique : assemblages, mappings sur le génome ainsi qu'à des analyses de génomique populationnelle (mapping de reads, balayage et analyse des SNPs).
Vous contribuerez également à l'analyse de données produites dans le cadre des travaux des équipes APPIFISH (génomes des différentes souches de bactéries pathogènes) et IMMUNOCARE (analyse de données single-cell RNA-Seq et ATAC-Seq).
Vos activités :
- gestion des données de séquences génomiques et de leurs annotations pour différentes espèces de tiques: organiser le stockage des données massives et multi sources et assurer leur maintenance
- analyses de génomique comparative (comparaisons des répertoires de gènes, analyse de synténie)
- gestion des données transcriptomiques : comptage d'expression pour de multiples librairies, insertion de ces données dans l'outil Apollo
- analyse de polymorphisme génétique à partir de données de capture d'exome
- gestion et annotation de séquences génomiques bactériennes
- ouverture et FAIRisation des données : documentation des métadonnées, analyse du degré critique des données et recommandations sur le degré d'ouverture

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Vous exercerez dans une unité de recherche publique relevant de 2 tutelles (INRAE et Oniris), hébergée à Oniris, et devrez vous intégrer dans les spécificités et règles de chacune, notamment les schémas directeurs en informatique et leurs évolutions

Idéalement Master 2 ou école d'ingénieur en Bioinformatique
Compétences:
- Maîtrise de Linux et Bash, et de langages de programmation;
- Maîtrise de logiciels d'analyses bio-informatiques;
- Connaissances en R;
- Analyse de données NGS (préparation/nettoyage de données, mapping, SNP calling);
- Gestion de bases de données (type PostgreSQL, MySQL);
- Sensibilisation à l?ouverture des données;
- Connaissances générales en biologie et génétique;
- Maîtrise de l'anglais (niveau B).
Expérience :
Analyse des données de séquences génomiques.

Poste ouvert dans le cadre de la mobilité, ouvert aux fonctionnaires et CDI de droit public uniquement